各位高手请指教一下TCGA下载的数据,很多情况下一个样本会有几个重复,如何在R中筛选这些重复样本,并取平均值,请黏贴代码,多谢!
为什么TCGA下载的miRNA数据不是压缩包形式而是txt格式
请问下V16的下载工具下载的数据和官网的一样吗?TCGA的官网临床数据是一到两个月就更新一次的
如今的TCGA简易下载工具是这样的,该如何转换成gene symbol啊,现在的没有之前直接转换的按键了啊
请问下V16的下载工具下载的数据和官网的一样吗?TCGA的官网表达谱数据和临床数据是一到两个月就更新一次的
付费的TCGA临床信息解读中TNM分期以病理为准,但是使用sangerbox合并后的临床数据中,最前面几列显示的TNM分期对应的是后面临床中的TMN分期,到底应该以哪个为准呢?
TCGA下载工具总是提示检索超时,无法下载,怎么破
请问在TCGA数据库中下载的GBM的biospecimen数据中每位患者的临床信息就是与GBM的clinical数据相对应的吗?就是biospecimen数据中的每位患者的临床信息在clinical中都能找到吗?
TCGA训练集建立riskscore,取分组,将tcga所得riskscore数应用到geo验证集无法分组,该怎么解决?是数据问题嘛?看到geo表达普遍高一些
从TCGA下载中下载了HTSeq - FPKM,然后想对其进行相应的热图,火山图,箱图,散点图分析,需要处理数据吗。R语言知道怎么画这些图,但是不知道数据对不对
使用TCGA简易下载工具下载的TCGA表达谱数据,想要移除表达谱的批次效应,应该要怎么做呢? 当然,有sva包可以实现,但是需要不同样本的batch的信息,这个batch信息怎么获取到呢? 临床信息中并没有这个信息。 求大神指点!