看到这里我有些奇怪，作者强调了数据来源于llumina 2000平台，这是一篇去年的文章，作者下载了238个数据，而现在膀胱癌数据已经400多了，突然多了两百多不可能吧，所以难道TCGA数据还要选择同平台？我有点疑惑，求大神解答
老师，我在TCGA下载了RNA-seq，代码是：ENSG00000213523.8，但是我在http://www.ensembl.org网站查不到，把小数点及后面的去掉就可以搜到了，为啥？？ENSG00000213523.8有没有小数点一样吗？那下载的是有小数点的，他到底是啥呢？是该基因...
...者的多组学数据识别生存相关基因的研究之一。 研究从TCGA数据库中选取153例PDAC患者，利用其临床、DNA甲基化、基因表达、小RNA (miRNA)和长链非编码RNA (lncRNA)表达数据进行多组学分析。 1.全局DNA甲基化分析 ...
...大的意义。 今天小编介绍的这篇文章中，Yang等人通过对TCGA数据库中的食管癌、胃腺癌、肝癌、胰腺癌、结肠腺癌以及直肠腺癌的数据，通过CIBERSORT算法刻画每个样本中22个免疫细胞的组成情况，通过Lasso回归分析识别出一些重...
众所周知，现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达，当然我们也可以分析 不同临床分期与基因表达的关系，比如T、N、M、Stage、性别和年龄。 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你...
GEO 芯片数据转换器 转换出的gene symbol和官网给的注释文件不一致，可能原因是GEO上数据所用平台种类比较多， 我用的数据平台是GPL6947,大家注意下吧。 TCGA的gene symbol转换我没有去试验,个人觉得应该没问题。
老师，您好！ 我用贵站的差异表达软件对TCGA中miRNA数据分析后得到多个差异表达miRNA，然后再利用批量生存软件分析这些差异表达miRNA，但结果出现一些问题，不知如何处理： 癌组织中miRNA高表达，提示可能起致癌基...
...题，也有可能是对软件不太了解的原因。问题如下： 1.TCGA分析时经常会卡在一个地方就没有反应了，重新关掉软件再分析又卡在另外一个地方,我看到前面有工程师回答说是内存不足，我查到自己电脑内存和CPU闲置很多，内存才...
所使用的方法：edgeR(TCGA数据） p值：0.05 fold change值：1.0 是否已经取过log值：是 样本类型列为：第2列 正在运行，请稍后... 是否正确运行：否 输出信息：无 错误信息：b"Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = qu...
代码：summary（coxph(Surv(os,status)~age+grade+level,data=tcga)） 发现grade和level这样的分类变量，在R中自动选择了一组作为对照（也就是grade有1,2,3,4组，自动选择了1作为对照，最后显示2,3,4组的结果） 做cox必须要把分类变量做哑变量处...
TCGA盒子提取数据时转录谱原始测序数据（HTSeq - Counts）样本数量与对应的临床病理资料（Clinical）样本数量不一致是什么原因
...整体甲基化水平的缺失在免疫治疗方面的影响。通过整合TCGA11种癌症数据进行实验分析，他们发现免疫调控通路相关的基因主要富集到的是PMD区域上，并且免疫调控通路相关的基因在那些CpG岛启动子超甲基化发生的去甲基化肿瘤...
从第一款简易TCGA下载工具开始，SangerBox便有了傻瓜式、易操作的基因，秉承简易、高效的原则，SangerBox已经进入 第三代系统。 第一代 SangerBox为一款 桌面式的 软件，易上手，但是 在不同电脑上运行存在兼容性问题。 第二代 S...
... 三. 材料与方法 1. 数据来源 训练集：TCGA数据库中535名LUAD患者的RNA-seq数据和相应的临床信息数据 验证集：GEO数据库，GSE号为GSE31210，包含226例LUAD患者表达谱数据以及相应的临床信息 2. 分析方法 差...
...食管鳞状细胞癌），PAAD（胰腺癌）、BRCA（乳腺癌）以及TCGA数据库中包含20种癌症（n = 8137）的数据集中得到验证。其中，在ESCC疾病中，Li等人识别出了由6个基因（CCND1，CSF3R，E2F2，JUP，RARA和TCF7）构成的预后标志物。接下来，他...