表达芯片数据预处理四部曲-N,T,B,Q(normalization,transformation,bac

如果得到了一个可靠的表达矩阵,那么后续的一切分析都不是事,非常简单,分分钟做几百个差异分析,富集分析。但是,如果保证你的表达矩阵是可靠的呢?毕竟一般人也就是从GEO里面直接下载作者处...

如果得到了一个可靠的表达矩阵,那么后续的一切分析都不是事,非常简单,分分钟做几百个差异分析,富集分析。
但是,如果保证你的表达矩阵是可靠的呢?
毕竟一般人也就是从GEO里面直接下载作者处理好的表达矩阵了,你敢确定人家做的是对的?
稍微懂一点的也许会下载affymetrix或者illumina芯片的原始文件,比如cel格式的等等,自己用R包来转换成表达矩阵。
你知道从芯片到表达矩阵,中间到底经历了什么吗???

就是这4个步骤:
N,T,B,Q(normalization,transformation,backgroud correction,qulity control)
只是大部分情况下,都是被一个成功的R包包装成了一个函数!

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你会吗???

  • 发表于 2017-08-15 07:39
  • 阅读 ( 3186 )
  • 分类:方案研究

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