TCGA RNASeq数据归一化工具使用例子

例子1: 有多个FPKM文件如: 打开软件,点击“选择多个文件”按钮,然后选择要转换的FPKM样本,当然值得注意的是左侧的复选框,复选框勾选的才会进行转换 然后左下角选择需要转换的方法,我...

工具下载链接:http://gap.shengxin.ren/tool/6/

例子1:

有多个FPKM文件如:

attachments-2017-09-Zxn2mCTn59a91f94bc35

打开软件,点击“选择多个文件”按钮,然后选择要转换的FPKM样本,当然值得注意的是左侧的复选框,复选框勾选的才会进行转换

attachments-2017-09-hf6aKQZK59a91ff387ca然后左下角选择需要转换的方法,我们选择TPM,最后点击“转换并导出”按钮,选择要保存的转换后数据目录:

attachments-2017-09-KDph4TLW59a920846aeb最后等待转换完成

attachments-2017-09-76vGtFJ459a920af58a9例子2:

已有数据矩阵,比如已有TCGA简易下载工具处理合并后的数据矩阵:Merge_matrix.txt

打开软件:点击“选择矩阵”按钮,选择Merge_matrix.txt文件

attachments-2017-09-bLDoVnOD59a92136b94d最终软件将矩阵表格中各样本的数据解析之后列出来,我们可以选择转换哪些样本的数据,这里为了更快的演示,我们选择前15个进行转换attachments-2017-09-swAkZnL259a922cbdce8等待转换完成之后我们得到了

attachments-2017-09-P7LnIHdC59a92331652f

从结果文件中我们可以看出,每个样本单独转换的文件以及这些样本转换之后合并的矩阵。



  • 发表于 2017-09-01 17:07
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  • 分类:软件工具

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