HeatmapCluster工具使用案例

本小工具无需您懂得R语言等繁琐的计算机语言,只需您的一份表达矩阵文件,瞬间帮您完成梦寐以求的Heatmap图片!!简单便捷,生信人出品,精品中的极品!生信人助您成为SCI达人!

1、软件下载地址!

http://gap.shengxin.ren/tool/3/

2、双击运行主程序“HeatmapCluster.exe”,打开界面如下:

attachments-2017-09-j06NpRwl59b210060d84

3、点击右侧“选择矩阵文件”(这里的矩阵文件为表达矩阵,对于行和列,无特殊要求,怎么开心怎么来)。这里,我们举例说明,矩阵文件如下所示(列名为sample200例,行名为gene11个):

attachments-2017-09-S3T75fk259b21020e8d3

4、瞬间生成Heatmap如下(具体运行时间根据您的电脑配置):

attachments-2017-09-VIwOAxvu59b21036814d

5、上面这个图很难看,并且很多参数需要调整,因此更改参数的选项如下:

attachments-2017-09-c5fikUup59b2104c0cb9

6、更改颜色,点击这三个颜色框,可以随意选择颜色,这里举例说明选择蓝--红,三种颜色。

attachments-2017-09-FbYaLWUz59b21075bce9

7、是否进行cluster?则选择“RowCluster”或者“ColCluster”。

attachments-2017-09-MpC46hoo59b2108babd1

8、是否进行Z-score?则选择按照Row还是Col进行Z变换,例子中,我们按照Row进行Z变换。

9、是否显示Row名字或者Col名字?则选择Show按钮。

10、选择聚类的方式?有“欧氏距离”和“皮尔森相关系数”两个选项。

attachments-2017-09-LKsvcaLQ59b2109e2113

11、调整完参数后,生成如下:

attachments-2017-09-lbjndrws59b210bc13f5

12、点击右侧保存相关按钮,建议保存为PDF格式,“绘图”按钮其实就是“刷新”功能啦!

attachments-2017-09-hEQAtOP759b210cda051

13、最终保存的图像为下图(蓝--红):

attachments-2017-09-XZdYhpz359b210ed1933



【来自生信人的忠实粉丝分享_杭州薛之谦】

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  • 发表于 2017-09-08 11:41
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  • 分类:软件工具

17 条评论

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不写代码的码农
oscarwang

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