GSEA简易分析及可视化工具
Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析，GSEA)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。其输入数据包含两部分，一是已知...
Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析，GSEA)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。其输入数据包含两部分，一是已知功能的基因集 (可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格式的基因集定义)，一是表达矩阵 (也可以是排序好的列表)，软件会对基因根据其与表型的关联度(可以理解为表达值的变化)从大到小排序，然后判断基因集内每条注释下的基因是否富集于表型相关度排序后基因表的上部或下部，从而判断此基因集内基因的协同变化对表型变化的影响。
注意这和利用显著差异基因做富集分析存在明显不同，差异基因富集分析是先筛选差异基因，再判断差异基因在哪些注释的通路存在富集；这涉及到差异阈值的设定，存在一定主观性并且只能用于表达变化较大的基因，即我们定义的显著差异基因。而GSEA则不局限于差异基因，从基因集的富集角度出发，理论上更容易囊括细微但协调性的变化对生物通路的影响，尤其是差异倍数不太大的基因集。
更多详细的GSEA教程 可以看这里：https://cloud.tencent.com/developer/article/1426130
在这里我们开发了一个简易的GSEA分析工具，用于做GSEA分析并可视化，支持单基因的GSEA分析和分组的GSEA分析以及排秩后的GSEA分析
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- 发表于 2021-08-04 20:12
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- 分类：软件工具
