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之前我们制作了生信教学视频和转录经典文献解读的文章合辑,这一期的合辑包括数据分析技巧和基因定位经典文献的解读。
一、数据分析技巧
1. 相近功能基因的检索方法:有两种思路可以实现这一目标。第一种是直接序列比对,认为序列相似即具有相似的功能;第二种是利用这一类基因共有的蛋白保守结构域搜索,如果含有相同的蛋白保守结构域,就认为他们具有相似的功能。来看看如何从数据库下载蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型文件。
《你还在用blast找功能类似的基因?赶紧试试更好的方法吧!》
2. 基因结构绘制工具讲解:运用 Gene Structure Dispaly Server 绘制清晰的基因结构,简洁明了地展示外显子、内含子及UTR的位置。还可以联合其他数据绘制进化树-基因结构图,展现基因结构与系统进化关系。
《分分钟教你绘制基因结构图!》
3. 系统进化树的美化:进化树很多人都会做,但是想把进化树做的美观却不那么容易,看了下面的文章希望大家都能做出令自己满意的进化树。
《两分钟做一张让人羡慕的系统进化树图!》
4. 以文献搜文献:搜想要的文献,不仅仅可以用关键词,甚至你还可以用已有的文献去检索同一类文献,看了下面的文章你就明白方法啦!
《文献相关性搜索神器》
5. KEGG代谢通路图的解读:对基因做注释的时候,KEGG是一个重要而且常用的数据库,很多同学可能对注释结果都很眼熟,但是能够真正读懂的人却没那么多,花5分钟让您对KEGG代谢通路图有彻底的认识。
《5分钟看懂KEGG代谢通路图》
1. 踏着重测序遗传图的大潮,用传统的取材方式,经典的分析方法,不用后续验证也能发6分文章。
《QTL不做验证发6分?看人家怎么写的》
2. 测序家族中的重测序和简化测序用来做遗传图、GWAS进行基因定位可以说是司空见惯了,其实用转录组技术也是可以进行基因定位的,在无参考基因组物种、定位特殊性状的情况下甚至还有优势。
《做基因定位?大家可能忽略了这个最熟悉的技术》
3. 这篇文章的主角既不是模式生物,也不是所谓的大作物,作者通过重测序的手段对木豆数百份品种资源进行分子标记开发,进而进行全基因组关联分析和遗传进化分析,于2017年见刊于NG。其选材方式和分析思路值得学习。
《群体进化和GWAS文章没那么难发!》
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