MCScanx:共线性分析软件
共线性研究的好软件。
MCScanx:Multiple Collinearity Scan toolkit
MCScanx软件是一个对物种内和物种间共线性的一种寻找和显示。使用比较简单。
首先我们需要对物种之间进行blast相互比对，物种内和物种间都可以。
然后将物种的gff文件整合在一起，名字可以为物种1.物种2.gff
得到blast的结果之后。我们要运行MCScanx 这个软件需要输入物种1.物种2.gff和比对的blast结果。
这一步会得到一个*.collinearity的文件。
这个*.collinearity文件是后面画图的重要文件。
最后一步我们需要将得到的共线性以图片的形式显示出来。
这里有四个画图的程序，有四种展示形式。
java dot_plotter
java dual_synteny_plotter
java circle_plotter
java bar_plotter
这四个画图程序都需要一个ctl文件。这个文件主要是需要你告诉程序，我要做那几条染色体和那几条染色体之间作图，举例如下：
800 //dimension(in pixels) of x axis
800 //dimension(in pixels) of y axis
sb1,sb2,sb3,sb4,sb5,sb6,sb7,sb8,sb9,sb10 //chromosomes in x axis
os1,os2,os3,os4,os5,os6,os7,os8,os9,os10,os11,os12 //chromosomes in y axis
图片如下：
- 发表于 2017-04-01 16:36
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- 分类：软件工具
