MCScanx:共线性分析软件

共线性研究的好软件。

MCScanx:Multiple Collinearity Scan toolkit

MCScanx软件是一个对物种内和物种间共线性的一种寻找和显示。使用比较简单。

首先我们需要对物种之间进行blast相互比对,物种内和物种间都可以。

然后将物种的gff文件整合在一起,名字可以为物种1.物种2.gff

得到blast的结果之后。我们要运行MCScanx 这个软件需要输入物种1.物种2.gff和比对的blast结果。

这一步会得到一个*.collinearity的文件。

这个*.collinearity文件是后面画图的重要文件。

最后一步我们需要将得到的共线性以图片的形式显示出来。

这里有四个画图的程序,有四种展示形式。

java dot_plotter

java dual_synteny_plotter

java circle_plotter

java bar_plotter

这四个画图程序都需要一个ctl文件。这个文件主要是需要你告诉程序,我要做那几条染色体和那几条染色体之间作图,举例如下:

800 //dimension(in pixels) of x axis

800 //dimension(in pixels) of y axis

sb1,sb2,sb3,sb4,sb5,sb6,sb7,sb8,sb9,sb10 //chromosomes in x axis

os1,os2,os3,os4,os5,os6,os7,os8,os9,os10,os11,os12 //chromosomes in y axis

图片如下:

biocc_149ec0ac_6392_4e9d_88fb_d95e9a7aa5
biocc_b6fb6437_50b2_4a88_bbce_8777551f91

biocc_a15b5546_54cc_4339_ad0e_46bcdb409f

biocc_eac4bfce_8449_4c03_a6e9_49c388b219

  • 发表于 2017-04-01 16:36
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  • 分类:软件工具

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