简介

karyoploteR是Bioconductor的一个包。这个包主要功能是可以用它来肆意的绘制基因组相关的可视化，文章说了任何数据都可以。
这个软件的特点就是自由，半自动话，他只是提供一些组件和工具，就像circos一样，你可以用这些工具，雕刻你心中的天使。
随着大数据的爆发，测序行业的数据也越来越多，目前数据的可视化，成为了科研工作中一大部分。这对于数据的挖掘，分析，和结果演绎很有帮助。
但是现在缺少可以让用户自己来半手工操作的软件，circos是属于半自动的，但是并不是所有的场合圈图都适用。因此开发一款线性的定制化的软件工具还是
灰常有意义的。因此我们开发了基于R的karyoploteR工具，用来高度定制化的展示基因组注释和相关的其他数据。
Source code and documentation are
freely available through Bioconductor (http://www.bioconductor.org/packages/karyoploteR ) and at the
examples and tutorial page at https://bernatgel.github.io/karyoploter_tutorial.
相关的可视化展示软件
目前市面上有很多的基因组展示工具：
1、Circos (Krzywinski et al., 2009) produces highly customizable high quality
circular plots,
2、 R counterpart RCircos (Zhang et al., 2013).
3、There are other R packages capable of plotting whole genome diagrams
      such as: ggbio (Yin et al., 2012), based on the grammar of graphics that
      can produce different plot types including ideogram and karyogram plots;
4、IdeoViz (Pai and Ren, 2014), to plot binned data along the genome either as
      lines or bars;
5、 chromPlot (Oróstica and Verdugo, 2016), to plot up to fourdatasets given in a predefined format.
These packages are either limited in the amount or type of data they can plot (IdeoViz and chromPlot) or have limited customization options (ggbio). In addition, the Bioconductor
package Gviz (Hahne and Ivanek, 2016) is a powerful tool to create track based plots of diverse biological data but it does not produce plots of the whole genome.
karyoploteR的特点

这个软件的特点就是自由，DIY。主要表现在如下几个方面：
2.1 Ideogram plotting
这里跟circos有点像，这里的示意图绘制，需要用户自己去指定，可选择性很多，几乎什么都是可以调整的。
2.2 Not only human
在数据支持上这个软件不仅仅只适用人，其他的物种也适用。有一些物种的注释数据已经被打包在了软件内置数据集中。如果你研究的物种没有，你也可以利用regionR去UCSC去获取。
2.3 Data plotting
数据绘制部分共分为两部分，初级功能和高级功能。触及功能就是提供了一些点，边，线的小图形，不考虑生物学意义。完全交给用户自己去绘制。高级功能部分会综合的考虑生物学意义，对示意图
会考虑是否为基因区，这里需要更多的生物学知识。
2.4 Customization and extensibility