推荐一个软件：GFFview
A Web Server for Parsing and Visualizing Annotation Information of Eukaryotic Genome
大家好，今天给大家推荐一款软件，GFFview ，顾名思义这款软件主要用于gff文件的可视化展示。
相信大家对于gff文件并不陌生，gff文件存储的物种的各种组件的注释信息，其中最重要的，最被人关注的是基因的注释信息。
gff文件，还有gtf文件就是一种注释信息的存储文件。但是gff文件不能直观的给人物种的整体特征展示，也由于部分研究工作者没有相关的处理经验。
因此开发一款可视化gff的软件是非常有必要的。
当然了，大家会说IGV不是挺好的吗，对。IGV软件侧重于对结构细节进行详细展示，但是GFFview侧重的是对整体的特征进行描述，通过这个软件展示，让你直观的获取物种的特征和大概了解。
软件概况
1、文件预处理
将gff或者gtf输入软件之后，软件会根据基因或者转录本来提取相应的特征。然后基于不同的染色体进行区分，最后可视化展示，这里考虑到内存的使用，对于CDS没有进行展示。
软件处理流程图
2、整体统计描述和可视化
为了最大限度的对文件特征进行展示，文章采用了6个指标进行描述。
(1) density of the annotated gene within chromosome,
(2) distribution of gene length,
(3) number of transcripts per gene,
(4)distribution of transcript length,
(5) number of exons per transcript,
(6) number of transcripts that have already been annotated for UTR(s) or not.
3、数据上传和管理
考虑到某些gff文件比较大，软件可以接受压缩格式的。所有的文件会被保存一周。
4、软件安装
该软件是基于python开发的，免费安装，并且实用简单。可视化部分用了一些作图的数据库和软件包，比如circos等。
文章中小编没找到下载链接，是不是要亲自联系作者呢。E-mail: laisj5794@163.com
参考文献
Deng F, Chen S Y, Wu Z L, et al. GFFview: A Web Server for Parsing and Visualizing Annotation Information of Eukaryotic Genome.[J]. Journal of Computational Biology A Journal of Computational Molecular Cell Biology, 2017.
- 发表于 2017-06-03 10:31
- 阅读 ( 8156 )
- 分类：软件工具
