R语言实战系列(二)——数据类型

2. R 语言常用的数据类型 数值型:如1, 2, 3 基本操作: 字符型:如  "haha", "a12", "1", "2", "123" 基本操作: 逻辑型:逻辑型只有两个:TRUE(T) 、FALSE(F) 基本操作: 数据类型之间的转换: 最

R语言实战系列(一)——R的介绍与安装

1. R 包的下载与安装 1.1 为什么要使用R 包? R 语言下载安装后,有很多基础函数可以使用,满足我们大部分需求。但在进行一些特定的分析时,需要用到一些人开发的R 包。 目前有很多R 包可

分享一段比较不同模型的C-index和RMS的代码

已封装成函数,如下: compareRiskModal=function(os,ev,risks){ library('survRM2') library('Hmisc') require(survival) library(survcomp) library(prodlim) os=data$SURVIVAL_...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-11-12 15:16
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分享一个画堆积柱状图的函数代码

library(ggplot2) library(tidyverse) library(reshape2) plotMutiBar=function(dat,ist=F,xlb='',ylb='',lineCol='black',lineW=0.5,legTitle='Group',showValue=F,showLine=T){ if(ist){...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-10-15 12:35
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R语言实战系列(三)——数据结构

没有哪一个教程可以满足所有人的需求。在阅读教程时,一边动手操作,一边上网搜索更多相关的知识才会学的更快。

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blusom 矩阵计算过程

模块替换矩阵BLOSUM(BLOcks SUbstitution Matrix),用于计算氨基酸替换频率。YouTube上看到一个关于讲解blusom 矩阵计算过程的视频,给出了一个例子:seq1 B A B A seq2 A A A C seq3 A A C C...

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  • yami
  • 发布于 2019-09-10 11:13
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分享一段从KEGG通路中提取基因互作数据的R代码

从KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)网站上获得差异表达基因所富集通路的XML文件。使用R包XML提取这些XML文件中的relation,entry和group关系。然后利用脚本组合它们从中提取其...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-03-21 15:10
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分享一个绘制带置信区间的ROC曲线的代码模板

效果图如: library(timeROC)library(survival)ROC.DSST=timeROC(T=time,        delta=status        ,marker=test.score,        cause=1,weighting="marginal",        times=c(12,12*3,1...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-18 10:38
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基于源代码的RRA算法原理解析

使用RRA算法做基因表达meta分析的文章很多,基于某个好友博士答辩中涉及到此方法,需要对该算法深入解析,顺道抽空研究了一下(主要是实在看不下去文章直译牛头不对马嘴。。。。。他翻译如下)...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-15 21:36
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mongodb内存占用过高可行的限制办法

最近服务器卡的要死,后来发现是用来MongoDB在后台建索引,占了 一半的内存,MongoDB本身是一个极耗内存的数据库,你有多少内存他都能吃进去,谷歌之后寻到解决办法如下: 服务器系统是CentOS7...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-12-27 08:40
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医学统计学-卡方检验

1. 卡方分布当自由度趋于无穷大时,图形趋于正态分布 # 产生服从卡方分布的观测数为1000的样本 df_n <- seq (1 , 5 ) chisq_data <- function (n ){  x <- seq (- 0.2 , 16 , length = 300 )  prob &lt

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  • 生信
  • 发布于 2018-08-30 08:58
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Python学习极简教程 (一)

Python 教程陈同 (chentong_biology@163.com)欢迎来到Python的世界,本教程将带你遨游Python,领悟Python的魅力。本教程专注于帮助初学者,尤其是生物信息分析人员快速学会Python的常用功能和使用方式,

生物信息之程序学习

作为本科学生物,后来转行生物信息的人,经常会被人问起,为啥学习生物信息了呢?这背后通常会带着一些困惑,生物信息分析好不好学?我读书的时候,实验室纯计算机出身的人员只占很小

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ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)

作者:严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源 编者按:数据可视化是解析、理解和展示数据不可缺少的一部分。炫或不炫看个人喜好和功