分享一段从KEGG通路中提取基因互作数据的R代码

从KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)网站上获得差异表达基因所富集通路的XML文件。使用R包XML提取这些XML文件中的relation,entry和group关系。然后利用脚本组合它们从中提取其...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-03-21 15:10
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分享一个绘制带置信区间的ROC曲线的代码模板

效果图如: library(timeROC)library(survival)ROC.DSST=timeROC(T=time,        delta=status        ,marker=test.score,        cause=1,weighting="marginal",        times=c(12,12*3,1...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-18 10:38
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mongodb内存占用过高可行的限制办法

最近服务器卡的要死,后来发现是用来MongoDB在后台建索引,占了 一半的内存,MongoDB本身是一个极耗内存的数据库,你有多少内存他都能吃进去,谷歌之后寻到解决办法如下: 服务器系统是CentOS7...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-12-27 08:40
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医学统计学-卡方检验

1. 卡方分布当自由度趋于无穷大时,图形趋于正态分布 # 产生服从卡方分布的观测数为1000的样本 df_n <- seq (1 , 5 ) chisq_data <- function (n ){  x <- seq (- 0.2 , 16 , length = 300 )  prob &lt

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  • 生信
  • 发布于 2018-08-30 08:58
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Python学习极简教程 (一)

Python 教程陈同 (chentong_biology@163.com)欢迎来到Python的世界,本教程将带你遨游Python,领悟Python的魅力。本教程专注于帮助初学者,尤其是生物信息分析人员快速学会Python的常用功能和使用方式,

学R学系列-02-R的主要数据结构

简要梳理R中常见的数据结构

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  • 文虎
  • 发布于 2018-03-17 22:56
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Windows不用虚拟机或双系统,轻松实现linux shell环境:gitforwindows

windows缺少shell命令支持 用过Linux服务器分析数据的小伙伴,一定对Linux强大Shell命令所折服,经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。 还有想学习Linux Shell命令的小伙伴,一直没有...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-11 23:05
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我学习的R与shell编程笔记,也许可以帮助想要接触的你

在这年末之时,我将之前的笔记都进行了整理和排版,对一些文章进行了删改。感谢简书君,给我的两本笔记加上了连载权限,现在大家已经可以像看一本书一样阅读我写下的东西了。

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  • 王诗翔
  • 发布于 2018-02-07 20:35
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基本的shell编程知识,都在这里了

shell,一种壳层与命令行界面,是Unix操作系统下传统的用户和计算机的交互界面。第一个用户直接输入命令来执行各种各样的任务。 普通意义上的shell就是可以接受用户输入命令的程序。它之所以被称作shell是因为它隐藏了操作系统低层的细节。同样的Unix下的图形用户界面GNOME和KDE,有时也被叫做“虚拟shell”或“图形shell”。

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  • 王诗翔
  • 发布于 2018-02-05 14:16
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学R学系列-01-正则表达式

R语言学习教程-[学R学]:正则表达式

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  • 文虎
  • 发布于 2018-01-26 21:38
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学R学系列-序

R语言学习教程-[学R学]:序

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  • 文虎
  • 发布于 2018-01-26 21:36
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ggbiplot-最好看的PCA作图:样品PCA散点+分组椭圆+变量贡献和相关

写在前面 https://github.com/vqv/ggbiplot/blob/master/README.md 前几天在《宏基因组0》微信讨论群看到了有人发了一个上面链接,点开一看居然是一条命令出帅图,真是太实用了。我立即使用本...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-12-23 09:27
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Python Schema使用说明

Python Schema一种优雅的数据验证方式

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  • deepxin
  • 发布于 2017-10-30 14:27
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生信人值得拥有的编程模板-Perl

为什么要学编程 图1. 重复工作任务量与时间关系[1] 如上图,对于大量重复工作,非编程者(non-geek)工作量和时间是正相关的,就像富士康流水线上的工人,这种工作对于高智商的人是无法忍受(富...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-10-13 20:03
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Python极其简单的分布式异步作业管理系统RQ入门

RQ是一个极其简单的作业管理系统,具有异步、分布式等特点,本文是一个简单的入门教程。

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  • deepxin
  • 发布于 2017-08-14 17:19
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R语言基础绘图——3D散点图

R语言基础绘图——3D散点图

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-09 09:32
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R语言基础绘图——饼图

R语言基础绘图——饼图

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-09 09:29
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R语言基础绘图——韦恩图

R语言基础绘图——韦恩图

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-09 09:23
  • 阅读 ( 3698 )

R语言基础绘图——注解

R语言基础绘图——注解

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  • 发布于 2017-08-06 16:31
  • 阅读 ( 1374 )

R语言基础绘图——坐标轴调整

R语言基础绘图——坐标轴调整

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-06 16:15
  • 阅读 ( 3188 )