分享一段比较不同模型的C-index和RMS的代码

已封装成函数,如下: compareRiskModal=function(os,ev,risks){ library('survRM2') library('Hmisc') require(survival) library(survcomp) library(prodlim) os=data$SURVIVAL_...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-11-12 15:16
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分享一个画堆积柱状图的函数代码

library(ggplot2) library(tidyverse) library(reshape2) plotMutiBar=function(dat,ist=F,xlb='',ylb='',lineCol='black',lineW=0.5,legTitle='Group',showValue=F,showLine=T){ if(ist){...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-10-15 12:35
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R语言实战系列(六)——R语言画图

没有哪一个教程可以满足所有人的需求。在阅读教程时,一边动手操作,一边上网搜索更多相关的知识才会学的更快。

R语言实战系列(五)——文件、输入与输出

没有哪一个教程可以满足所有人的需求。在阅读教程时,一边动手操作,一边上网搜索更多相关的知识才会学的更快。

R语言实战系列(四)——语句

没有哪一个教程可以满足所有人的需求。在阅读教程时,一边动手操作,一边上网搜索更多相关的知识才会学的更快。

R语言实战系列(三)——数据结构

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R语言实战系列(二)——数据类型

没有哪一个教程可以满足所有人的需求。在阅读教程时,一边动手操作,一边上网搜索更多相关的知识才会学的更快。

R语言实战系列(一)——R的介绍与安装

没有哪一个教程可以满足所有人的需求。在阅读教程时,一边动手操作,一边上网搜索更多相关的知识才会学的更快。

blusom 矩阵计算过程

模块替换矩阵BLOSUM(BLOcks SUbstitution Matrix),用于计算氨基酸替换频率。YouTube上看到一个关于讲解blusom 矩阵计算过程的视频,给出了一个例子:seq1 B A B A seq2 A A A C seq3 A A C C...

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  • yami
  • 发布于 2019-09-10 11:13
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分享一段从KEGG通路中提取基因互作数据的R代码

从KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)网站上获得差异表达基因所富集通路的XML文件。使用R包XML提取这些XML文件中的relation,entry和group关系。然后利用脚本组合它们从中提取其...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-03-21 15:10
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分享一个绘制带置信区间的ROC曲线的代码模板

效果图如: library(timeROC)library(survival)ROC.DSST=timeROC(T=time,        delta=status        ,marker=test.score,        cause=1,weighting="marginal",        times=c(12,12*3,1...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-18 10:38
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基于源代码的RRA算法原理解析

使用RRA算法做基因表达meta分析的文章很多,基于某个好友博士答辩中涉及到此方法,需要对该算法深入解析,顺道抽空研究了一下(主要是实在看不下去文章直译牛头不对马嘴。。。。。他翻译如下)...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-15 21:36
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mongodb内存占用过高可行的限制办法

最近服务器卡的要死,后来发现是用来MongoDB在后台建索引,占了 一半的内存,MongoDB本身是一个极耗内存的数据库,你有多少内存他都能吃进去,谷歌之后寻到解决办法如下: 服务器系统是CentOS7...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-12-27 08:40
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医学统计学-卡方检验

1. 卡方分布当自由度趋于无穷大时,图形趋于正态分布 # 产生服从卡方分布的观测数为1000的样本 df_n <- seq (1 , 5 ) chisq_data <- function (n ){  x <- seq (- 0.2 , 16 , length = 300 )  prob &lt

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  • 生信
  • 发布于 2018-08-30 08:58
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Python学习极简教程 (一)

Python 教程陈同 (chentong_biology@163.com)欢迎来到Python的世界,本教程将带你遨游Python,领悟Python的魅力。本教程专注于帮助初学者,尤其是生物信息分析人员快速学会Python的常用功能和使用方式,

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作者:严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源 编者按:数据可视化是解析、理解和展示数据不可缺少的一部分。炫或不炫看个人喜好和功

学R学系列-02-R的主要数据结构

简要梳理R中常见的数据结构

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  • 文虎
  • 发布于 2018-03-17 22:56
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Windows不用虚拟机或双系统,轻松实现linux shell环境:gitforwindows

windows缺少shell命令支持 用过Linux服务器分析数据的小伙伴,一定对Linux强大Shell命令所折服,经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。 还有想学习Linux Shell命令的小伙伴,一直没有...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-02-11 23:05
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