今天给大家介绍一篇19分来自Immunity的文章

Highlights Six identified immune subtypes span cancer tissue types and molecular subtypes Immune subtypes differ by somatic aberrations, microenvironment, and survival Multiple control modalities of molecular networks affect tumor-immune interactions Th

Highlights


  • Six identified immune subtypes span cancer tissue types and molecular subtypes

  • Immune subtypes differ by somatic aberrations, microenvironment, and survival

  • Multiple control modalities of molecular networks affect tumor-immune interactions

  • These analyses serve as a resource for exploring immunogenicity across cancer types


这是一篇介绍基因免疫图景的文章,本次内容较长,因为文章工作量很大,文章里可挖掘的点也很多。(文献可直接在网站浏览)


重要结论:

建立了泛癌肿(跨越不同组织类型和分子亚型)的六种免疫亚型

六种免疫亚型在体细胞突变、微环境和预后上呈现不同特征

分子网络的多种控制方式影响肿瘤免疫相互作用



本文整合多种免疫基因组学方法来探究TCGA的33种癌症TME

  • 总淋巴细胞浸润水平(来自基因组和H&E图像数据)

  • 来自mRNA-seq数据的反卷积分析的免疫细胞组分

  • 免疫基因表达特征

  • 新抗原预测

  • TCR和BCR谱系推断

  • 病毒RNA表达和体细胞DNA突变

  • 控制TME的转录调控网络和细胞外通信网络分析

  • 决定TME特征的种系因素及预后模型开发


从已有的文献中挑选160个免疫表达标签中的5个:

  • macrophages/monocytes 

  • overall lymphocyte infiltration 

  • TGF-β response 

  • IFN-γ response 

  • wound healing

将全部30个癌肿(去掉血液类型肿瘤)进行分型。

得到六个亚型。




肿瘤免疫浸润的组成分析:

白细胞占比(LF)

LF在不同癌种和免疫亚型上分布不同

LF最高的top3癌种包括对ICHs响应最好的LUAD、SKCM和HNSC等。

淋巴区域中的肿瘤空间占比在不同免疫亚型之间分布不同(TILs分析的结果)














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转自:桑格助手
  • 发表于 2019-03-25 10:34
  • 阅读 ( 1488 )
  • 分类:文献解读

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