GEO数据快速下载——终于不用去国外数据中下载数据了

我们通过研发的新的数据平台将常用的公共数据库全部同步到国内服务器中,并且每天同步更新,同时按照常规发表SCI的习惯对所有数据进行整合,编排,方便大家下载与使用。

使用方法

1.网址:http://sangerbox.com/Information?page=1&chk3=&chk5=&chk1=&chk2=&chk4=&chk6=

2.输入关键字(以肺癌为例)

attachments-2020-04-YMY6WQGb5ea68a820e59b.png

3.选择数据:

下载整合之后的数据:样本的临床信息、将探针号转化为GeneSmybol表达矩阵:

attachments-2020-04-fJZyBiOi5ea68ad62d8a4.png

4.选择表达矩阵的下载方式

attachments-2020-04-TBEg7jmJ5ea68b1618ac4.png

5.下载原始数据合GEO数据库中数据一样,下载数据比较超快。

attachments-2020-04-1AXCfLWE5ea68b417fe75.png

6.结果目录:将数据下载到个人中心,在将数据下载到本地。

attachments-2020-04-23ePq3uO5ea68b6712d4e.png

注:遇到有些GSE号下面会没有数据集时,先将这个GSE号输入到GEO官网上,看看作者有没有上传了这个数据集,如果GEO数据库中显示这个数据的表达矩阵即series_matrix.txt.gz文件大小为几K、几十K、或者几百K,说明该数据集作者没有上传表达谱矩阵。如果GEO数据的表达矩阵即series_matrix.txt.gz文件大小为5M以上,请联系小编。扫描下面德二维码可以联系小妹哦。

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  • 发表于 2020-04-26 13:57
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  • 分类:软件工具

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