简易数据标准化工具使用说明
简易数据标准化工具
在数据分析之前，通常需要先将数据标准化（normalization），利用标准化后的数据进行数据分析。数据标准化是将数据按照比例缩放，使之落入一个小的特定区间，数据标准化的方法有很多种，常用的有Z-score、分位数等。
- 首先打开工具界面进行介绍
1和2是选择输入数据的两种方式，1为导入单个表达矩阵，2可以同时导入多个矩阵（操作方法就是按住Ctrl即可）
3是四种标准化方法
TPM：适用于TCGA数据库；TPM的计算方法：
1）标准化基因长度：将所有基因的Read数除以基因长度（基因长度单位为kb）；
2）计算总Read数：计算每一个样本的总Read数，然后将其换算为以百万位单位（M）
3）标准化总Read数：将所有基因的Read数除以总Read数；
Z-score：是基于原始数据的均值（mean）和标准差（standard deviation）进行数据的标准化；
log2（x+1）：log函数标准化很简单就不多说了
quantiles步骤：
1）对每张芯片的数据点排序；
2）求出同一位置的几次重复实验数据的均值，并用该均值代替该位置的基因的表达量；
3）将每个基因还原到本身的位置上。
那么最后就是操作起来更为简单，直接点击转换并导出，选择要出输出的目录，等待完成就好
最终生成结果为Meger*.txt的一个文件
- 发表于 2018-07-12 17:08
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- 分类：软件工具
