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2018-10-04 23:14 回答问题

miRNA-seq-BCGSC-miRNA Profiling 标准化可以rma完成吗?

2018-10-04 23:11 回答问题

因为有太多没有表达值的行,以及表达值一样的行,会导致SDS=0,T检验时,分母为0.因此直接用T检验,很容易出错。目前有没有较现成的代码,可以直接分析miR BCGSC FPKM表达差异。先用SDS进行筛选,取得sub-matrix,再直接用t检验进行统计得到p-value,FDR adjust得到q值。以前我的思路是这样,但是SDS的threshold该是多少比较合理呢,1,还是0.5,还是?有没有更富有检验效能处理方法