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请问，通过TCGA简易工具下载的miRNA-seq-BCGSC-miRNA Profiling...
miRNA-seq-BCGSC-miRNA Profiling 标准化可以rma完成吗？
回答于 2018-10-04 23:14
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TCGA简易下载工具下载BCGSC miRNA profiling后合并成TXT文件，用...
因为有太多没有表达值的行,以及表达值一样的行,会导致SDS=0,T检验时,分母为0.因此直接用T检验，很容易出错。目前有没有较现成的代码，可以直接分析miR BCGSC FPKM表达差异。先用SDS进行筛选，取得sub-matrix，再直接用t检验进行统计得到p-value，FDR adjust得到q值。以前我的思路是这样，但是SDS的threshold该是多少比较合...
回答于 2018-10-04 23:11