TCGA简易下载工具下载BCGSC miRNA profiling后合并成TXT文件，用归一化工具提示选择矩阵

TCGA简易下载工具下载BCGSC miRNA profiling后合并成TXT文件，用归一化工具提示选择该矩阵TXT文件，但提示非TCGA数据，无法使用TPM转换，不知是什么原因？是不是miRNA不用做归一化处理啊？

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2 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

TPM转换目前只支持TCGA的RNA-Seq的FPKM数据,miRNA的你可以不做这个处理，或者选择其他方法比如分位数标准化

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nuifu - 医师

因为有太多没有表达值的行,以及表达值一样的行,会导致SDS=0,T检验时,分母为0.因此直接用T检验，很容易出错。目前有没有较现成的代码，可以直接分析miR BCGSC FPKM表达差异。先用SDS进行筛选，取得sub-matrix，再直接用t检验进行统计得到p-value，FDR adjust得到q值。以前我的思路是这样，但是SDS的threshold该是多少比较合理呢，1，还是0.5,还是？有没有更富有检验效能处理方法


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  • 无品墨客 提出于 2017-11-29 09:30

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