5 同一研究中的不同GEO数据集的表达量级为何不同?(一个为个位数,一个是几千)

下载MINIML包并用GEO转换器转换后,得到的同一个分子在不同的GSE数据集中的表达形式不同,开始以为是标准化和未标准化的区别,后来我在网站上均下载了他们的normalized的数据,发现他们的量级还是不一样。

问题:1.MINIML数据是不是直接下载的标准化后的数据?

           2.为什么表达量级不一样?都是同一研究,难道用了不同方法转化?

           3.分析中是否需要将几千的量级进行log2转化?

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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

1、MINIML的数据大部分是经过标准化后的

2、表达量级不同不代表没有标准化,有可能是取了log和没有取log的区别

3、分析中视情况会取log2

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