求教高手指点，用R语言画的火山图报错

10 求教高手指点，用R语言画的火山图报错

1、library(ggplot2)

2、biowolf<-read.table(file="uu.txt",header=TRUE,row.names = 1)

3、data$sig[(data$padj > 0.05|data$padj=="NA")|(data$logFC < 2)& data$logFC > -2] <- "no",data$sig[data$padj <= 0.05 & data$logFC >= 2] <- "up",data$sig[data$padj <= 0.05 & data$logFC <= -2] <- "down"

4、volcano<-ggplot(biowolf,aes(x= log2(foldchange), y=-1*log10(pvalues)))

报错截图如下

我想把fold change大于-2和小于2，以及padj > 0.05 的基因都作为不关注的基因。

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调研图 2018-06-28 10:47

第三部改成这样：

data$sig[(data$padj > 0.05|data$padj=="NA")|(data$logFC < 2)& data$logFC > -2] <- "no"
data$sig[data$padj <= 0.05 & data$logFC >= 2] <- "up"
data$sig[data$padj <= 0.05 & data$logFC <= -2] <- "down"

shawn 2018-07-02 21:56

R语言中两句话不应该写在一行

如果一定要写在一行用英文分号间隔 ;

如：

> a = 1; b = 2

> a

[1] 1

> b

[1] 2

所以你那么分成两行要么’up‘后面用分号 ;

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