为什么GEO数据库用DECenter做差异分析出来的结果和别人实验验证的结果相反呢？分析出来是下调基因，而别人验证是上调基因。

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入门者 2018-07-16 11:02

有可能是你的对照组和实验组搞错了呢

LX - 学生 2018-07-22 22:50

我也发现这个问题，用GEO2R和DECenter同时做一个数据库，结果相反，但是我完全是按照先加入肿瘤样本，再粘贴对照组样本，出来的确是反的，但差异因表达上调和下调与oncomine基本一致。而GEO2R的数据如下图，在肿瘤中明明低表达，癌旁中高表达，但logFC却是正值，是不是有问题，求解答 attachments-2018-07-hTmjdnsa5b54997d77f51.

为什么GEO数据库用DECenter做差异分析出来的结果和别人实验验证的结果相反呢？分析出来是下调基因，而别人验证是上调基因。

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