fisher检验富集分析

 生信君,请教一个问题:在微信公众号文章“如何利用fisher检验做富集分析”(http://mp.weixin.qq.com/s/iAkA_SozKPrFUsl_bqO6bw)中表格中的数据,我认为应该是(30,20,1870,80),而文中是(20,50,1870,80)。不知个中原因,请赐教。 

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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

fisher检验类似于列联表,(30,20,1870,80):这里的30,20表示的是差异和非差异,文中20,50也表示差异和非差异,50并不是表示所有mapping到A通路的基因,所以不需要再减20

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