罕见ID转换问题

attachments-2018-08-WZ6s7e3Z5b89724c95290.png请教各位老师,图示中的GB—ACC,怎么转换成基因名?用了DAVID和ensemble都不行!

多谢各位老师!

文件是GSE11760

注释信息的部分截图如下:

attachments-2018-08-51hEJdaT5b8974b8a6eaa.png我用注释信息的提示登陆https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=

发现是在NCBI的网站。于是我用ensemble做转换,操作如下,但是不成功。

attachments-2018-08-lRv8l6RZ5b89752017f53.png

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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

每个ID的注释信息比如CX592099.1 则在:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest/CX592099.1

很明显你的这个是定制的芯片,里面使用的是EST来做的探针,一般数据库里并没有保存这些ID,建议你找到这些探针序列之后自己重新比对到你的物种的基因组上,可以拿到对应的通用的基因信息

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