10 count数据做差异分析的时候,利用盒子edgeR或者DESeq2方法进行分析。edgeR获取的差异基因(FC 1和FDR0.05)对比别人用R包直接编程的总少很多。

count数据做差异分析的时候,利用盒子edgeR或者DESeq2方法进行分析。edgeR获取的差异基因(FC 1和FDR0.05)对比别人用R包直接编程的总少很多。DESeq2方法分析的时候,直接导出的差异基因数目和用包直接编程的结果差不多,但仔细分析里面的数据就会发现,差异基因中FC,p,和FDR中很多基因都是NA,并没有按照既定FC或p值进行选择差异基因。实在是不知道哪里出了问题,我在下面附上结果,请您给予指导。

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2 个回答

段伟成

我也想知道,我也发现这种情况,FC,p,adj p很多都是NA

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Mr.ZZ

我也是发现了同样的问题。

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