关于TCGA简易下载工具v14下载数据的问题

我参照这篇文章attachments-2018-11-ursHBDRK5be80ebfceeb1.PNG(https://shengxin.ren/article/208)下载肝癌的RNA-Seq数据时有一些问题想请教一下

1.attachments-2018-11-PWBD7HLR5be80cfec41a6.jpg这个下拉菜单栏里面有好几个选项,请问有什么区别吗?

2.我选择了HTSeq-count(424)下载后,发现里面全是压缩包格式的文件,然后我通过软件点击“合并文件”attachments-2018-11-b2Qaur9d5be80dc5d302f.PNG选择了这个“download”文件后出现了这两个文件attachments-2018-11-pgdrhYZU5be80dff9ca1f.PNG

但是我一直打不开来这两个文件。

这个跟帖子里面的attachments-2018-11-pEEAm1AP5be80e42010c3.png完全不一样。

希望前辈能帮忙指点一下,谢谢!


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3 个回答

调研图

下拉你面是不同的数据类型,有counts、FPKM等区别counts是比对上的reads数目,FPKM是由counts转换而来;没有.bak的文件为最终的数据文件,你可以通过editplus或者notepad++打开试试

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祝让飞 - 生物信息工程师

新版更新之后操作确实有些不同,主要在于下载后的数据合并上,新版V14的直接先合并就好

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栗子姐 - 医学生

上一个文件是可以打开的,用EXCEL也能打开

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