怎么验证COX预后模型

请问怎么验证COX预后模型?

比如在TCGA建立的预后模型,怎么在GEO验证?  是重新在GEO做多因素,计算risk score? 


我的疑问是,我的预后模型公式是risk score=∑xi* βi(xi 是基因表达and βi 是coefficient).:比如,在TCGA 从单因素分析结果里提取了100个基因去做多因素分析,这时多因素分析的结果有5个基因,这五个基因都对应有β值,这个β值是不是直接用到GEO数据去验证呢呢? 还是说GEO数据也做多因素分析,算新的β值?如果重新算,不可能刚好还是这五个基因在回归方程中呢? 诚望得到祝老师回复,谢谢
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2 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

既然是验证预后模型 那么你首先要拿你的模型(公式),用新数据代入进去计算新数据的risk score然后再看他们预后是不是和测试集一致

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Dakun

好像是R包survival的predict函数可以做,但是type是不是选risk我就不知道了,看文章是把测试集的coefficient用到验证集中,并且risk score的cutoff也是和测试集一样。如果你知道怎么做的话请告诉我,互相分享

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