怎么验证COX预后模型

请问怎么验证COX预后模型？

比如在TCGA建立的预后模型，怎么在GEO验证？是重新在GEO做多因素，计算risk score？

我的疑问是，我的预后模型公式是risk score=∑xi* βi(xi 是基因表达and βi 是coefficient).：比如，在TCGA 从单因素分析结果里提取了100个基因去做多因素分析，这时多因素分析的结果有5个基因，这五个基因都对应有β值，这个β值是不是直接用到GEO数据去验证呢呢？还是说GEO数据也做多因素分析，算新的β值？如果重新算，不可能刚好还是这五个基因在回归方程中呢？诚望得到祝老师回复，谢谢

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祝让飞 - 生物信息工程师 2019-03-27 00:47

既然是验证预后模型那么你首先要拿你的模型（公式）,用新数据代入进去计算新数据的risk score然后再看他们预后是不是和测试集一致

Dakun 2019-03-29 07:12

好像是R包survival的predict函数可以做，但是type是不是选risk我就不知道了，看文章是把测试集的coefficient用到验证集中，并且risk score的cutoff也是和测试集一样。如果你知道怎么做的话请告诉我，互相分享

怎么验证COX预后模型

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