请问TCGA用lasso做预后模型，用GEO验证，结果验证组risk全是低风险组，是不是TCGA和GEO两个数据要先做处理，“统一”化？TCGA是从UCSC上下载的

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1 个回答

刘惠生 - 学生

TCGA和GEO数据之间存在平台差异，或者本质定量方式不同（RNAseq基于count，芯片基于荧光值）；若在GEO验证归一化是必须的；个人建议最好对TCGA同一数据进行分组验证，GEO验证可以针对筛选出的基因进行表达水平的验证。另外ICGC也有一些数据可以纳入进行验证。具体可邮箱联系。

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  • 卫鑫 提出于 2020-12-28 19:18

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