请问TCGA用lasso做预后模型,用GEO验证,结果验证组risk全是低风险组,是不是TCGA和GEO两个数据要先做处理,“统一”化?TCGA是从UCSC上下载的

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刘惠生 - 学生

TCGA和GEO数据之间存在平台差异,或者本质定量方式不同(RNAseq基于count,芯片基于荧光值);若在GEO验证归一化是必须的;个人建议最好对TCGA同一数据进行分组验证,GEO验证可以针对筛选出的基因进行表达水平的验证。另外ICGC也有一些数据可以纳入进行验证。具体可邮箱联系。

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  • 卫鑫 提出于 2020-12-28 19:18

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