试试 ggfortify
2 个回答
通过Google我找到了可视化方法！
就是上面代码中的ggbiplot和ggfortify包，很容易就把千人基因组按照5个种群给分开了，当然，如果按照26个亚种会很难看，我就不秀图片了！而且其实前两个主成分的贡献度都很低，说明它们两个的把人群分开的作用力不够。
首先是ggbiplot的图片！
然后是ggfortify 图片：
我只是随机挑选的千人基因组计划的1号染色体的1000个位点！我们看到，我们的数据区分的不是很明显，我挑选的1000个位点没办法把人群清晰分开(前两个主成分作用力太小了)，刚开始我选择的是26个人种，更加麻烦，现在就标记5个超级人种，勉强还能看到规律。非洲人跟其他人区分挺好的。
- AFR, African
- AMR, Ad Mixed American
- EAS, East Asian
- EUR, European
- SAS, South Asian
对于这个特定的分析，PCA一个最强大的部分是，一开始，我们无需指定寻找的集群数。
你们觉得哪一个好看呢？