DEC和简易GSEA运行出错

你好，我试着GEO数据转换后用GSEA分析，可是运行后提示GSEA运行错误，然后GSEA运行完成，但是在文件夹里看不到结果。

DEC里运行后是显示输出信息：b'ERROR : data are essentially constant \r\n'

错误信息：b'There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)\r\n'

运行完毕，你可以去查看结果啦！

请教这两个会是什么问题？

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祝让飞 - 生物信息工程师 2017-10-16 07:57

1、DEC的结果是警告你的数据存在问题，可能有些基因在各个样本中的表达都为0

2、GSEA的结果可能也是你数据存在一些问题，你看看数据中是否有上述的这种情况

weilong 2023-01-31 19:14

用SangerBox的DECenter做表达差异分析的话，出现data are essentially constant表示有些基因在各个样本中的表达都为0或者某个其他常数，将该行删除（在各个样本中的表达都为某个常数，这样的基因也没意义）。或者随机将某一个加上一个很微小的量（如0.0000001），这样就可以正常进行统计检验，不会报错。

DEC和简易GSEA运行出错

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