不知道之前您是否有遇到过芯片里面的数据用limma算出来无差异基因（标准为logFC>1，P<0.05），使用了GEO自带的GEO2R算出来也是这个情况。我感觉自己选的DE标准已经相当低了，不晓得遇到这种情况该如何处理？既然无差异，是不是可以认为这个芯片的基因在不同处理之间的表达很接近呢，那可以转而做相关性分析么？还望大神解答！
可能是由于两组样本本身差异较小导致的，你可以尝试降低阈值
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