算不出来差异基因怎么办?

不知道之前您是否有遇到过芯片里面的数据用limma算出来无差异基因(标准为logFC>1,P<0.05),使用了GEO自带的GEO2R算出来也是这个情况。我感觉自己选的DE标准已经相当低了,不晓得遇到这种情况该如何处理?既然无差异,是不是可以认为这个芯片的基因在不同处理之间的表达很接近呢,那可以转而做相关性分析么?还望大神解答!

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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

可能是由于两组样本本身差异较小导致的,你可以尝试降低阈值

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