按照《实战:拿TCGA肝癌的RNA-Seq数据来做差异分析》一文的步骤,对fileID.tmp中筛选、分组并替换后,再使用简易TCGA下载工具 的合并文件功能进行合并,然后打开fileID.tmp文件,发现里面内容还是对fileID.tmp编辑之前的,试了2次都一样,合并矩阵里的数据,转置过来也并没有像帖子里说的,01在前,11在后
你确定你保存了嘛,你编辑完保存之后使用文本打开看看到底有没有改好,然后再导入软件
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其实你是问如何分组的问题吧,可以不用费劲修改顺序,而用以下R代码进行分组:
group <- ifelse(as.numeric(substr(colnames(exprSet),14,15))>1,"normal","tumor")