楼上说的应该是没问题的，我也遇到过一些ENSG转换不了，而且这些转换不了的在NCBI里都查不到对应的gene，你可以试试。
3 ID转换时部分ENSG不转换为gene symbol
ID转换出现了新的问题，就是我此前进行过ID转换，单独转换提取编码基因（mRNA），数量有变化，这个是其中一个疑问点。现在是19754个成功转换。以前也做过，跟这个不一样，不过大概也是这个范围1万9千多个；另外一个问题是，其中有一些仍然是ENSG号码，没有转换为Gene Symbol，不知道是为什么。我在genecard中根据ENSG号码可以查到相关的基因。另外，我把没有转换为Gene Symbol的ENSG提取出来，单独弄一个文件进行ID转换，仍然是同样的结果。下附图：
求解。
附：lncRNA中这种情况更多，只有少部分是非编码RNA名称。对非编码RNA关注很少，这个作为扩展问题吧。感谢老师解答。
2 个回答
老版本的 ID转换器的数据来源是基于biomart的，这个新版本的ID转换器的数据来源是根据TCGA使用的gtf文件中提取而来，里面记录的信息更为全面一些，这些ENSG编号转换完还是ENSG编号的主要原因是在这个gtf版本中被认为是新发现的，也就是说這些基因的SYMBOL还没有定下来，这也就导致了不同数据库中SYMBOL的名称不同，故此为避免歧异，软件就继续使用ENSG编号了，只有这个在各个数据库中是唯一对应的。
lncRNA也是同理，因为lncRNA存在很多这种情况，所以就会发现里面很多转完也还是ENSG
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