我只能回答一部分,GEO数据的差异看你是怎么来的,如果是通过GEO2R,save all results,然后下载下来的数据,一般是取过log的,在线分析会自动选择取log。至于DECenter的应该是可以选择的吧。没有具体操作呢。主要是下载数据用了。
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这里的fc是指fold change么?第一个问题楼上已经回答,第二个问题DEcenter里面取的是log2FC