tcga简易下载工具v16 ClinicalFull按钮在哪里
下載解壓縮後,想要運行時一直出現 " 找不到指定的模組 Loadlibrary(pythondll) failed"
大家好,我下载了TCGA的FPKM和count数据,做了一些分析再加上其他的写了一篇文章在投稿,但是审稿人问我:你使用的数据,是单细胞RNA-seq数据吗?对细胞进行了多少次读取? 数据的质量如何? 比较转录组分析使用哪种算法? ...
老师们好,我使用Sanger Box下载的TCGA GBM转录水平的Count值,然后转化为FPKM和TPM值,仔细将这些数据和使用其它方式(cbioportal及firehose)相比,数据有出入,而且有些病例和基因数值出入较大。请问,哪种方式下载的数据更可信...
今日下载TCGA数据库中的SNV数据,发现无法现在,用命令行下载时,出现“You don't have access to the data”.
请问,简易TCGA下载工具里面,搜索完的列表里,miRNA-Seq-BCGSC miRNA Profiling(isoform:569)和miRNA-Seq-BCGSC miRNA Profiling两个选项有什么区别,是否有miRNA的counts可供下载?
初学者提问: 大佬们好,我最近在学用R对TCGA下载的数据进行生存分析,用的是survival包,想问一下TCGA下载的FPKM数据是可以直接进行生存分析么?还是需要进行一些处理?那是什么样的处理呢?比如过滤过低表达的数据?
用简易工具下载AML(Acute Myeloid Leukemia-Blood),RNAseq的FPKM数据,上面检索完有187个样本,但是下载下来之后只有一个file是怎么回事?为什么下载不下来?
能够搜索到转录本信息,但是临床随访信息无法找到,看TCGA官网显示的TCGA-OS是control内容,是因为这个原因无法找到吗?但之前的相关信息说TCGA的control也能下载下来?
简易下载工具V8点击样本类型后,点击检索,一直检索不出来,怎么回事。
现在的sample名称如TCGA-D7-A74B怎么区分是癌还是癌旁组织,谢谢各位大神!
使用Decener的EdgeR或Limma分析胰腺癌差异表达的基因,采用http://gepia.cancer-pku.cn进行验证,发现上调的基因还比较准确,但是下调的基因非常不准确,几乎在GEPIA里都是上调的,这是怎么一回事?