TCGA简易下载工具下载下来的CNV文件的sample名称该如何解读？ 我需要根据CNV的分析结果做survival分析，因为不知道sample名称是什么ID类型，该如何解读，所以没办法进行ID转换，将sampleID转换为TCGA的barcode。 因为所有的sample...
1、用简易TCGA下载的数据有三种Count，FKPM， FKPM-UP。上述三种数据是否都需要进行标准化之后才能进行后续的差异分析？ 2、Count，FKPM， FKPM-UP这三种数据应该用什么方法进行标准化？ 3、进行标准化之后，这三种数据改用哪一个...
整理出来，recurrence一列是空白，而后面personNeoplasmCancerStatus里有的with tumor的病例recurrenceTime却是空白。请问终点事件到底以哪个为准？谢谢！！
老师您好。请问一下，已下载生信***客户端，但是google打不开，无法获取TCGA远程项目列表。请问可以怎么解决呢？
通过TCGA简易下载软件下载的RNA数据合并并且转换之后还需要再进行log处理么？ 拿到的数据是已经与正常组织进行过比较得到的倍数么？
分析某一miRNA在胃癌和癌旁的表达差异，分别提取表达矩阵里癌和癌旁的数据后，需要对表达数据进行如何处理？
按照《实战：拿TCGA肝癌的RNA-Seq数据来做差异分析》一文的步骤，对fileID.tmp中筛选、分组并替换后，再使用简易TCGA下载工具 的合并文件功能进行合并，然后打开fileID.tmp文件，发现里面内容还是对fileID.tmp编辑之前的，试了2次都...
老师，你好，我知道TCGA在下载表达数据时mRNA和lncRNA是混在一起的，我想请教一下是何种原因导致了这两种数据混在一起，是因为RNA-Seq过程导致的吗?
TCGA中下载的ov的miRNA数据显示有499条，但单独点癌组织却没有499条，单独点癌旁组织一条也没有，为什么会出现这种情况呢？实际的癌旁组织与癌组织的具体数量要下载整理数据以后自己统计吗？并且它的临床数据有500多条，多...
老师您好，TCGA直接下载的甲基化数据是txt文件，这个是经过处理的吗？只需要整理成矩阵就可以了还是需要进行一些质控？小工具中的标准化工具的设定对于甲基化一般该怎么设定呢？
我用指令行下数据的时候下一半断了，可能是因为网不好吧，然后试着再下一次的时候下下来的是个压缩包，始终只下下来了那一个压缩包！每当提示一个新文件下好的时候它就没一下在冒出来换个名字，请问这是为什么呢
第一张图是RNAseq的样本名称，第二张图是clinical的样本名称，但是名字不对应，没法匹配到一起进行分析。所以，我怎么能将二者名字成功匹配？