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TCGA 胃癌数据,运行单基因的GSEA,最后看不到在运行,也未报错,但是等待很长时间,仍没有没有任何结果

您好,我用TCGA写了一篇生信分析文章,杂志社要求我在材料和方法中提供人体研究的机构批准文号

用生信人工具TCGA筛选出的差异基因只显示TOP100的差异基因的表达矩阵,怎么导出差异基因的表达矩阵

请问各位老师cBioportal中下载的TCGA肺癌数据有多种来源到底下载哪个还是说随便哪一种都行?如图中划线数据。

求助关于乳腺癌TCGA数据中,随访资料相互矛盾的问题

...”里还有一部分显示是 lung 的病人。 还有就是我直接在 TCGA 数据库里搜索某病人编号时,发现可以下载临床信息,我就下载了,这里面只有 85 个病人的信息,发现里面又多了一些显示转移的病人。 这个文件是指最近一次随...

解决 自己下载的TCGA临床数据,一种是一个JSON文件,一种是很多个XML文件,怎么把它们转化成表格形式呢?

各位老师不吝赐教。谢谢

如何用R把TCGA 生存率里面days_to_death 这列数字变成T/F 0/1之类的状态形式

如何用R把TCGA 生存率里面days_to_death 这列数字变成T/F 0/1之类的状态形式

老师,怎样在TCGA下载某个基因与某个肿瘤的临床病理相关性以及该基因在肿瘤中的表达情况?

比如下面图中所说的,AKT3在胃癌中的表达情况怎么下载?具体到某个基因在某个肿瘤的表达水平,求老师指导?(菜鸟怕自己说不清楚)

TCGA miRNA数据下载后数据与其他途径下载不匹配

您好,祝老师! 按照您的建议,我今天尝试了用你们的下载工具下载了miRNA数据,下载后利用软件自带合并功能,产生了一个合并TXT文件,用Excel打开后,发现有错位现象,并且产生了一列无用的YN信息,最后两列数据没有抬头...

请问TCGA上下载的临床数据里的药物治疗的开始时间为什么都不是第一天?

假设临床数据中紫衫醇和顺铂的方案的开始时间最早,是第89天,最初治疗后的肿瘤进展时间是第224天,请问这个紫衫醇加顺铂的方案可以看做最初治疗吗?如果不能,那个224天是从什么时候开始算的呢?

请问在TCGA数据库中的RNA-seq中下载的mRNA基因表达谱数据是芯片数据还是测序数据,谢谢

TCGA数据标准化之后的箱线图是这个样子的,哪位大佬帮我看一眼这是怎么回事,该怎么解决,感激不尽!!

两种TCGA数据 RNAseq - HTSeq(Counts)和RNAseq - IlluminaHiSeq(RSEM)的区别

在https://xenabrowser.net/中我发现了两种格式不太一样的TCGA数据 以luad数据集举例 第一种是 dataset: gene expression RNAseq - HTSeq - Counts 这个有60,484行,每一行似乎是一个ENSG基因编码,是count数据,类似的还有FPKM和FPKM-UQ 另外一种是 d...

TCGA下载工具下载的表达数据样本有后边跟着REP编号的,请问这是什么(不同阶段?重复试验?),应该怎么处理(删去?取均值?)?

比如结肠癌表达数据,其中的一个样本,这三个数据表达值不同

解决 请问TCGA数据中2种甲基化数据(MethyArray27K和MethyArray450K)有什么不同呀?并且后面的Liftover是什么意思呀?