... 希望朋友们可以给出一些见解哈。 PS：刚才看了一下TCGA官网只给出count，FPKM和FPKM-UQ的数据。。这样的话用哪个呢？
请问老师，分析某癌症TCGA数据后得到多个差异表达miRNA，但遇到个问题，某些miRNA在癌症组织中表达上调，提示为促癌基因，但做生存分析却发现高表达患者生存期却延长；同样，癌症组织中表达降低的miRNA，提示为抑癌基因，...
按照祝老师的《拿一套TCGA胃癌的数据来批量做生存分析示例》步骤，数据转换完成并导入后，ExpressionView和SampleInfoView中均有数据，但是点击批量运行后出现如图所示提示，请教问题出在哪里？谢谢老师指点
请教老师，我从TCGA下载的肿瘤病人miRNA数据，然后进行了Log2转化，现在做批量生存分析，如图所示KM曲线有两种方法获得，分位数和均值，结果是不一样的，我应该选哪种比较合适？谢谢
在学用TCGAbiolinks下载TCGA GDC portal的数据 代码如下 library(TCGAbiolinks) library(stringr) query = GDCquery(project = "TCGA-HNSC", legacy = FALSE, experimental.strategy = "RNA-Seq", data.category = "Transcriptome ...
摘要：TCGA新版的数据中的ID是ENSG的，那么怎么获取其中非编码RNA尤其是lncRNA、假基因的表达信息呢，首先你得从TCGA的表达数据中提取出这些ncRNA，那么第一步就是你要知道哪些是ncRNA，所以这里介绍这样的一种可行的方案，先提...
如上图，在TCGA的数据里面筛选的一些mirna,其中例如hsa-mir-429，在后面做生存分析时就提示有很多miRs,必须得选一个，关键不知道到底是哪个啊，改成list里面的hsa-miR-429也还是不行。求教该如何解决？？
您好，老师： 我从TCGA简易工具中下载了BCGSC miRNA Profiling数据，另外下载了Clinical数据，后利用合并功能产生两个TXT聚合文件，并利用归一化工具log2对miRNA TXT聚合文件进行了归一化处理，接下来我想用DECenter工具对其进行差异表...
TCGA下载的甲基化数据通过小工具整合为矩阵，每一行代表一个CpG位点。而打开任意一个甲基化下载的小文件（不是整合后的），里面有一列具有甲基化位点距离启动子位置信息，即：Position to TSS。这个“Position to TSS”一列中通...
...论临床分期还是TNM分期均无法获取，但已看到相关文献从TCGA获取的临床数据是包含分期的，不知道是为什么？该如何获取呢，谢谢！
TCGA下载的FPKM数据，做WGCNA，不管是去除低表达基因还是用MAD或者方差取前50%，灰色模块都有很多基因，也调整过minModulesize=50，mergeCutheight=0.3，还是有很多灰色基因。。。请问可以怎么调整，还是说数据就这样没办法了？
1.数据从tcga下载 2.得到R语言脚本RNA-seq分析中怎么把FPKM的数据批量转换成TPM
从TCGA下载了某肿瘤RNA-seq 数据，准备进行基因差异表达分析，R语言刚入门，对edgeR、deseq2这两个包不太理解，哪位大侠可以详细解读一下使用步骤，最好有详细代码注释，谢谢各位！