首先TCGA下载的RNA-seq数据是ensembl的ID,里面包含了六万多个转录本数据，本工具主要是对该数据进行一些基本的转换： 1、提取其中的蛋白编码基因表达谱 2、提取其中的lncRNA表达谱 3、提取其中的假基因表达谱 数据输入要求： ...
我想在TCGA数据库中筛选胃癌MSI和MSS的样本。
TCGA-V5-A7RC-01B-11R-A407-13 TCGA-V5-A7RC-06A-11R-A407-13 直接取均值吗？怎么处理，根据是什么？对edgeR和DESeq做差异有什么影响
TCGA简易下载工具下载好数据还未合并就关了，重新打开就得重新下载再合并，这要怎么解决，能否重新打开马上合并，具体怎么操作？谢谢！
用SangerBox下载TCGA数据，通常会报错。往往就中止了，不知道怎么回事
tcag的miRNA的数据怎么分析和疾病和关系，数据合并转换后不是表格格式是怎么回事？
想问一下这个工具现在还能用的吗，怎么合并不了
如何转换基因名？以前的版本好像有的，V16没有了
数据准备 1、下载TCGA RNA-Seq数据，我们使用TCGA简易下载工具进行下载，因为我们是做预后所以就没有显著正常样本，如图共有407个样本（这是包含所有可下载的样本，要全部下载就将右上角的复选框全部取消勾选即可）： 下...
TCGA改版后数据下载看起来不是那么好下了，然而小编也分享过TCGA的几种下载方式，但是实在是愧对大家。因为小编自己也几乎不用那些下载方式，为什么呢，就是感觉也不方便啊！今天给大家分享一个小编下载TCGA的自带断点续...
之前群里的大师给回复说，TCGA简易下载软件下载的RNA数据合并并且转换之后并未做log处理，我想了解一下，合并之后的数据是需要做quantile normalize log2么？这个怎么来做？因为不会R语言这套东西，所以想了解一下有没有Excel解决...
请教大神们，获取TCGA RNA-Seq后如何分离mRNA跟lncRNA 还可以进一步分离出其他ncRNA吗？
祝sir，我做胃癌TCGA差异分析，想重点看一下配对癌与癌旁组织表达差异，但有个别病例没有对应的癌组织数据（32个癌旁组织，其中5例没找到对应的癌组织数据），这是怎么回事？
用SangerBox下载TCGA数据，通常会报错。往往就中止了，不知道怎么回事。也没有提供错误代码。
我下载TCGA基因表达（HTSeq-FPKM）数据和临床资料（Clinical merge）数据，最后想挑选部分样本行生存分析，发现表达数据的样本名称是“TCGA-DB-A4XH-01”这种形式（图2），但是临床数据的样本名称又是“TCGA-75-5147”这种格式（图1）...