tcga的数据,好多基因表达为0,是否做分析的时候应该都删除这些基因?还是在三分之一以上标本基因表达为0的要删除?谢谢。
用Singerbox下载TCGA数据时,用家里的网络下载几乎是不可能的任务,下三个就报错。只能在单位里下,这是为什么。
TCGA甲基化数据中最后一列是什么意思呀
...病可分为致病性CNV、非致病性CNV和不明临床意义CNV。 2、TCGA的CNV测量及计算 TCGA里面主要是通过Affymetrix SNP6.0 array这款芯片来测拷贝数变异值得注意的是,并不是只有TCGA利用了SNP6.这个芯片数据,著名的CCLE计划也对一千多细胞...
我有一个基因,他只在肝脏高表达,pancancer的图显示他在肝癌和胆管癌里面都有高表达。请问可以肝癌和胆管癌一起分析吗?因为单独分析肝癌结果不太好……
已下好clinical和profiling的数据,如何进行匹配,求代码指导!!!!!是直接根据表达量的变量名和clinical中的变量名比对后合并吗?
目前会使用R语言对TCGA下载的数据进行单基因的生存分析,但如果想综合2个或3个基因进行生存分析,即,2或3个基因均高表达病例与其他病例进行比较分析,绘制生存曲线,这个功用R语言如何实现?谢谢!
TCGA RNASeq数据归一化FPKM数据除了TPM外,可否使用Z-Score归一化,两者是否有区别,谢谢
我从TCGA里面下载了胶质瘤的数据,提取之后发现没有正常的样本,没有对照组这样是不是不能做分析了?
大神们,用小工具下的临床资料,这个A8是什么?NEW EVENT 是复发么?NEW EVENT TIME是根据什么算的呢? 谢谢大神们了!
TCGA小工具下载的RNA表达FPKM矩阵,可否直接用于下游分析?还需校正吗?