从公众号看到的:“ 简易TCGA下载工具-V8”这个软件,小编说在生信人社区上可以下载,怎么没有找到,谁知道呀~
各位老师好,请问sangerbox里的TCGA简易下载工具里面下载数据后怎么进行ENSG-ID转换呢?原来的版本的简易下载工具里面直接有ENSG-ID转换的按钮的,新版里面好像没有呢?
我用指令行下数据的时候下一半断了,可能是因为网不好吧,然后试着再下一次的时候下下来的是个压缩包,始终只下下来了那一个压缩包!每当提示一个新文件下好的时候它就没一下在冒出来换个名字,请问这是为什么呢
第一张图是RNAseq的样本名称,第二张图是clinical的样本名称,但是名字不对应,没法匹配到一起进行分析。所以,我怎么能将二者名字成功匹配?
用count文件做的膀胱癌基因差异分析,然后想对差异基因再进行单基因分析时,下载的FPKM结果发现基因名都没有一致的怎么回事
我下载之后,第一列出现的是年龄信息,请问怎么查找对应的样本编号
用limma包进行筛选,没有筛选出来。
学习网站上的教程 https://www.shengxin.ren/article/209 用TCGA数据做生存分析,但是目前用的是V9版本,界面没有ClinicalFull按钮,也没找到替代的,我就点了合并,确实导出了一个文件,不知道这一步是不是有问题,所以导致了后面的问...
TCGA数据融合,用Perl做的过程,但是cmd里面结果显示normal和tumor都是0,得到的结果mRNAmatrix里面只有2字"id”,请教是怎么回事
针对没有某些基因生存分析结果的情况,老师回复是“ 有些基因的表达值存在离群值,建议做一下标准化再跑会好很多”,请问,标准化是用 数据归一化工具TPM吗?即使用了TPM归一化也没有结果,该如何处理这些基因的表达...
一、TCGA下载的RNA数据合并之后用便捷ID转换器V3转换之后样本数变少了 二、RNA数据和临床随访资料的例数不匹配