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解决 想问一下TCGA数据库里面有正常组织的RNA测序数据么,一个老师告诉我有我没找到。求各位大佬给个帮助

请问老师,从TCGA下载临床数据,想和前面的miRNA表达谱一起进行生存分析,我应该下载哪个格式的,三种有差别吗,谢谢老师啦。

解决 用简易下载工具下载的癌和癌旁病人信息数据为何和直接从TCGA下载的数据差两个数,为何存在不一致?求解答,谢谢

从GEO下载的RNAseq数据,转换后为啥不能用DECenter找差异,提示limma包缺失,而我直接从盒子里下载的TCGA就可以

在ucsc下载的tcga数据库,怎样简单的用excel做癌组织与正常组织的转录组差异表达分析

比如我下载了brest invasive cancer,里面的BRCA geen expression (IlluminaHiseq)文件,用excel做某个基因在癌组织相对于正常组织表达量上升或降低百分比,有具体详细的步骤做法教程吗,完全是个生信的小白,求大神帮忙

TCGA RNAseq数据中FPKM与TPM转换介绍

在新版数据中TCGA的RNAseq数据主要提供了三种数据下载,FPKM,FPKM-UQ,Counts,如果要用edgR等筛选差异的话会下载使用Counts数据,但是笔者在过去的数据分析中发现TCGA数据使用edgR等软件筛选差异基因并不理想,细思主要有两方面原...

TCGA和ICGC规定的44种癌症的简称和全称

不知道大家是不是需要中文译名。 lamlAcute Myeloid LeukemiaaccAdrenocortical carcinomablcaBladder Urothelial CarcinomabocaBone CancerlggBrain Lower Grade GliomabrcaBreast invasive carcinomacescCervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinomacholCholangiocarcinomaclleChr...

TCGA简易下载工具下载的RNA-seq counts在用edgeR分析差异基因的时候需要先把数据log2处理吗

tcga简易下载工具V10下载胃腺癌数据HT-Seq FPKM(407),下载了一会就停住再也不动了,咋解决?

A1_OS这个变量是随访时间,TCGA项目是2005年开始的,这个项目一共10来年里面的随访时间为啥有8000多天的?谢谢

使用TCGA做CeRNA又有了便捷的方法

...是建立了这样的一个workflow来构建CeRNA及后续的分析,以TCGA的胆管癌为例:TCGA-CHOL  1、首先 安装R包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("GDCRNATools") 2、下载数据,作者使用了GDC API 自动下载TCGA的数据,命令如下 library(GDCR...

TCGA简易下载工具下载的miRNA的标本名中出现如图所示的例如_Rep445是什么意思,怎么把它去掉呢?

请问在TCGA下载的miRNA数据中hsa-mir-21怎么转换为相应的基因名称?还有甲基化的数据类似cg00003578怎么转换?

请问我用TCGA下载的数据进行sanger box工具里的GESA分析,点了批量运行后保存文件没反应,请问你是怎么解决的?谢谢!

TCGA简易下载工具V16里下载到的RNA-seq数据用的参考基因组是hg19还是hg38?