比如我下载了brest invasive cancer,里面的BRCA geen expression (IlluminaHiseq)文件,用excel做某个基因在癌组织相对于正常组织表达量上升或降低百分比,有具体详细的步骤做法教程吗,完全是个生信的小白,求大神帮忙
在新版数据中TCGA的RNAseq数据主要提供了三种数据下载,FPKM,FPKM-UQ,Counts,如果要用edgR等筛选差异的话会下载使用Counts数据,但是笔者在过去的数据分析中发现TCGA数据使用edgR等软件筛选差异基因并不理想,细思主要有两方面原...
不知道大家是不是需要中文译名。 lamlAcute Myeloid LeukemiaaccAdrenocortical carcinomablcaBladder Urothelial CarcinomabocaBone CancerlggBrain Lower Grade GliomabrcaBreast invasive carcinomacescCervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinomacholCholangiocarcinomaclleChr...
...是建立了这样的一个workflow来构建CeRNA及后续的分析,以TCGA的胆管癌为例:TCGA-CHOL 1、首先 安装R包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("GDCRNATools") 2、下载数据,作者使用了GDC API 自动下载TCGA的数据,命令如下 library(GDCR...