为什么TCGA简易数据库ENSG_ID转换得到的基因数和在Ensembl转换得到的数量不一样？

还有想问下转换的时候，是ENSG_ID最后一位要加上1再去biomart转换？如：ENSG00000111224.12转换为gene名的时候将ENSG00000111224.12变为ENSG00000111224.13才转换，只有这样才能得到工具转换出来的结果，为什么加上1呢？

利用TCGA资源，求助：从获取的差异基因集中，找出和预后相关的基因集，并根据统计学学参数依次排序，有知道如何用R实现吗？

求助：从获取的差异基因集中，找出和预后相关的基因集，并根据统计学学参数依次排序，有知道如何用R实现吗？

TCGA标准化化后的反相蛋白质阵列基因芯片( RPPA)数据（level3和level4）推荐用什么算法进行差异分析？

用生信人工具盒进行TCGA数据批量生存分析点运行之后批量运行和导出结果按钮变成了灰色，这个问题您解决了吗，是哪里出了问题？

TCGA简易下载工具的临床随访数据中Clinical BCR Biotab,Clinical BCR XML,Clinical BCR OMF XML分别代表什么意思呢？谢谢

TCGA seq数据6万多个基因位点ID转完后只剩1万多个，丢失了很多信息，除去没有对应的geneID还差好多，怎样才能转换完全？谢谢

请问在TCGA上下在数据集一直下不下来的问题解决了吗，我遇到的问题也是下载不了，您看如下图所示 希望得到您帮助

在TCGA数据库中GBM miRNA数据中只有5个，但是我在文献上看到他们的数据有500多例，想请大神们研究一下，不胜感激！！

如题

关于TCGA RNA-Seq数据ID的转换方法

使用TCGA简易下载工具的同志们一直很好奇，RNA-Seq数据集中的ID是怎么转换的，今天就介绍一下原理 首先我们根据TCGA官网提供的RNA-Seq pipline（https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/Expression_mRNA_Pipeline/）里面可以看出TCGA使...

用DECenter的Deseq2做TCGA差异分析时出现logFc和up/down regulated不一致的情况。比如logFc>1和logFc

另外我选择的是|log2Fc|>3，但算好以后所有范围都有

TCGA下载工具中,请问ENSG_ID转换成Gene_symbol，是对那个文件进行操作？将keys的ENSG转换为gene名称？

用limma包做tcga数据差异分析，应该用下图中的哪个数据？是用标准化后的还是原始数据？如果是做生存分析又是用哪个呢？

TCGA 差异基因分析用的是RNA-htseq-count数据集，count数可以用来做多因素分析和roc曲线？

1.可以重新下载FPKM数据，用小工具转换为TPM进行多因素分析和roc曲线分析？这样文章中有两次下载数据（1一次下载htseq-count，一次下载FPKM）这样可以吗？ 2.count/fpkm/tpm之间存在转换关系?

解决 用TCGA简易工具下载的miRNA数据，合并后的值是以hg38:chr**等开头的一串数值，请教是否需要再重新转换？

请教老师，如题描述，具体数据库数据情况如图所示，下载后并不是直接的counts或者标准化后数据，请问是否需要进行转换？小白请指教

GEO和TCGA数据库挖掘文章思路！

...文章还是轻轻松松的。下面我们一起来看看这类利用GEO、TCGA数据库的文章是怎样写成的！ 文章1： 文章今年（2018）发表在：Cancer Management and Research 上IF=3.851。该文章发表的杂志影响因子虽然不高，但是分析思路还是可以借鉴...