请问TCGA HT-Seq counts数据用limma包voom函数筛选差异基因时，TMM和quantile normalization都要使用吗？两个都用和只用quantile标准化有啥区别？v <- voom(counts, design, plot=TRUE, normalize="quantile")。
各位大神，本人使用的是win10 64位系统，使用TCGA简易下载工具V8时提示“UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0xc9 in position 7: ordinal not in range(128)”，试了好多次都这样，无奈之下重装系统，一开始是可以打开的，但是重启后又...
...个宏图大志从博一就有了但没有知识积累又懒。那么就从TCGA开始吧！从测序基础知识到数据标准化想到哪儿说哪儿。 测序理论部分： 1. 一张图解释DNA，RNA， mRNA RNA和DNA是等价的，mRNA是剔除了内含子的RNA。 其他概念： 基...
用简易TCGA下载工具下载的miRNA-Seq-BCGSC miRNA Profiling数据，其中reads_per_million_miRNA_mapped数值与朋友在生物公司做的数值不一样呢？ 导致最后分析出来的结果，我用DECenter-V4分析出来的是down-Regulated，而他那头公司出来的是Up-Regulated...
您好，在其他问题留言中我看到您提到TCGA临床信息最近更新了，请问那现在从生信人下载的TCGA数据是最新的么？非常感谢
R读入数据时 比如说用read.table 总是自动将-转成., 如 TCGA数据的 样本ID TCGA-UF-A71D-01A 会变成TCGA.UF.A71D.01A 要怎么保持他们不变呢
请教想要分析Septin9（SEPT9）在甲基化位点（Chr17:75369000-75370500）在胃癌组织与正常为组织之间的表达差异,使用Sanger下载甲基化测序文件合并的得到3Gb的txt文件，无法用excel打开，我该如何提取目标数据？十分感谢您的指导帮助。