KEGG Pathway 中基因的颜色怎么简单的标记上去
在组学的文章中经常会看到各种KEGG Pathway，上面的基因经常会被标记成不同的颜色，而不同的颜色代表基因的不同的差异水平，那么除了公司流程中能够将KEGG pathway的基因标上去颜色之外还有什么工具也能方便的标记呢，事实上这是一个数据可视化的过程，在做科研的过程中常常存在不同的需求，比如在富集的KEGG Pathway中标记出基因的上下调情况（这是最常见的），比如做实验的过程中找到了几个基因，想知道这几个基因的在KEGG pathway中的调控关系等，这种情况下就属于高度定制了，那么今天就来讲解一下自己在不编程的情况下如何给KEGG pathway中标上颜色。
所以今天介绍的这个KEGG Mapper工具能帮上你大忙，会用他能让你轻松好多，他的网址：http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
KEGG Mapper工具主要的上色流程是这样的：线将你输入的基因匹配到KEGG后台的数据库，找到这些基因所参与的通路，然后再在这些通路中标记上颜色，over！
首先看看他的例子：
从图中可以看出只需要点3个地方，一个输入即图中的1、2、3、4
1、选择你的物种，看到右侧的org按钮没，点击他弹出物种选择栏，如果不选择那么默认就是ko，默认ko呢会有一个小问题就是你可能输入的是动物的基因，但是也能匹配到光合作用同了。。。。。因为你没限定物种呀
2、选择你输入的基因ID的类型，这里就比较坑爹了，就四种ID可选，不过也没关系，可以选使用其他工具转换成合适的ID,工具很多
3、输入你准备标记颜色的基因以及相应的颜色，以tab健隔开（就是两列啦），看到例子中的颜色没，第一个是red,blue 这里同时两个颜色表示啥意思呢，一试便知，静待结果
4、点击运行即可，结果如下：
从结果中可以看出列出了这两个基因所参与的所有的通路，我们可以随意的点击一个进去看看
从图中可以看出两个基因都标上了颜色，还记得那个标记red,blue嘛，标记上的是边框blue，填充red
下面来个真实的例子，首先假装手上有一些DNA修复相关的基因,然后我们想将他标记成红色，从DNA修复通路中看他们的调控关系
很显然KEGG不支持gene symbol的输入方式，所以我们选择uniprot的ID，此时我们使用http://www.uniprot.org/uploadlists/ idmapping工具进行ID转换
得到转换结果：
下载结果：
提交到KEGG Mapper:
靓丽的结果出现：
最终的显示结果如下：
是不是很easy！！！
至于高级复杂版可以从两个角度去实现批量化，一个是KEGG API，一个是构建url，当然也可以使用程序绘图直接绘制上去，这里就不做介绍了，还有就是对于未知的物种该如何做，首先是进行比对，具体工具有KOBAS、KAAS等。
- 发表于 2017-07-17 13:49
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- 分类：软件工具
