GEO数据挖掘开篇之文章解析
解读今年三月份发表在《Oncotargets & Therapy》（影响因子2.612）一篇基于GEO数据库挖掘卵巢癌差异表达基因和信号转导通路的整合生物信息学分析文章。
文章思路：
1、使用三套GEO数据；...
解读今年三月份发表在《Oncotargets & Therapy》（影响因子2.612）一篇基于GEO数据库挖掘卵巢癌差异表达基因和信号转导通路的整合生物信息学分析文章。
文章思路：
1、使用三套GEO数据；
2、三套数据进行预处理；
3、每套数据进行标准化，并通过箱线图对比标准化前后结果；
4、分别分析三套数据的差异，筛选出差异基因；
5、通过火山图和热图对差异结果进行展示；
6、对三套数据分别得到的差异基因使用RRA算法进行整合，确定最终的差异基因；
7、将最终得到的差异基因进行GO注释以及结果图形化展示；
8、差异基因的KEGG通路富集以及网络图展示；
9、差异基因的PPI互作网络分析，挖掘出17个与卵巢癌相关的基因。
以上就是这篇文章分析思路，可以说比较常见。
所以我们以这篇文章为例，结合生信人工具盒完美实现零代码做分析，那么让我们进入正题（视频截图为例）：
1）文章简单解析，这里就进行描述了一切尽在语音中。。。
2）数据集选取以及搜索技巧
3）数据标准化，箱线图结果
4）火山图和热图，里面弯弯道道还是要听老师讲解呀。
5）差异结果整合
6）通路结果展示，学会技巧，时间减半哦
- 发表于 2018-06-07 23:24
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- 分类：文献解读
