做组学离不开KEGG，离不开KEGG通路的标记和富集，KEGG通路图定制化绘制工具支持在KEGG 通路中任意标记你的目标基因及任意颜色

场景1：

我做了个基因组测序或者无参转录组，拿到了一些转录本，这些转录本做了KEGG注释，现在想在所有的通路中把这些基因给标记出来

如：

首先我们来整理数据，第一列为Gene ID，第二列为KEGG ID 上图红框对应处，从KEGG那一列可以看到不仅包含了KO ID也包含了KO的描述，有些还包括多个KO,我们将这列单独复制出来，使用Editplus进行替换操作

第一次正则表达式替换：

第二次正则表达式替换：

最终得到：

复制回去与基因进行对应

数据准备完毕，开始画图，打开软件：

点击右上角新增按钮，弹出界面：

将我们准备好的数据输入到文本框（也可以使用文件导入）中开始配置颜色：

从中可以看出有很多按钮和选项，因为是定制化，所以按钮当然就多，总共分五步：

step1:选择你输入的数据第一行是否是表头

step2:选择你的KO ID列，如果你之前导入过的话，可以选择之前的文件做索引，后面再讲

step3:选择绘图的方式，共有三种方式：渐变和固定颜色，渐变的一般根据你提供的数据进行渐变绘制，比如根据表达量高低画基因的颜色，固定颜色 一般给定的颜色去绘制基因，比如你为每个基因单独定义了颜色那么在step4中可以选择对应的颜色列，或者统一的设定颜色比如step4中的选择颜色，选择一个固定的颜色

step4:颜色的操作，如果是固定颜色则有两种选择：一、根据你定义的颜色列来绘制，二、统一设定同一颜色；如果是选择的是渐变：则会出现响应的渐变颜色选择，以及根据哪列数据绘制渐变色。

step5:选择绘图的位置，对于每一个基因在通路中可以有三种位置选择：背景、文字、边框，也可以三者任意组合来绘图

完成上述五步配置之后，点击解析，进入到主界面，可以点击 绘图测试 按钮观察绘图的样子如下：

在主界面中我们也可以进行一些操作：

右上角有上移、下移、删除，三个按钮分别对绘图的对象进行操作，我们每次导入一个配置文件则会生成一个图层，那么越上面的图层 显示的优先级越高，也就是说对于重复绘制区域的话后面导入的会把前面的覆盖掉，所以 上移 按钮就是将选择的图层往下调，让他优先级变低，下移 则相反，删除则 删除该图层

右上角的 全选和表格中的复选框：只有表格中的复选框勾选的才会被绘制，没有勾选的则不会被绘制

表格中的编辑列：编辑列可以对该数据图层进行再次编辑和修改

右上角的 新增按钮：新增按钮可以新增配置文件来进行绘图，也就是新增一个图层

导出图片按钮：将绘制好的图片导出到文件夹中

刚才已经导入了一个配置文件：基因和KO的对应关系，假设我们想根据某些基因的表达水平来绘制，我们先拿到基因的表达谱文件：

点击新增按钮，将这些数据复制到输入框中：

我们可以看到，这里没有KO ID列，在KO列中出现了 Input 1，这是因为我们上次导入的时候已经将基因跟KO ID的对应关系导入进去了，我们这里直接选择上次的文件做为背景就好了，我们的数据列 选择了Expro列

按照上图配置之后，点击解析，绘图测试 如下：

PS:图中有些边框为两种颜色，这是因为这这个节点上存在多个基因并且这几个基因的颜色不同，故以绘制两种颜色作为替代。

以上 在各种灵活的组合下可以绘制各种样子的 通路，大家自己探索。

关于人的KO对应基因ID的关系表链接：http://rest.kegg.jp/link/ko/hsa

工具下载链接：http://sangerbox.com/