Cytoscape——子网提取

Cytoscape内部子网提取

子网提取：
导入文件：file->import->network->file(ppi.txt)(HPRD中处理后的文件)

注：注意第一行是否为标题行，若是记得在advanced中去掉√

节点选择：Select->node
注:节点的选择可以通过将目标节点放在一个文件中导入，如果节点数少的话可以手动点选

注：黄色点为所选的目标节点

若想把其与大网络分离的话就点击菜单的图标栏里倒数第四个图标，获得子图

同样可对子网进行修饰
如：改变节点颜色性质并将蛋白质换成对应的gene symbol(label中设置)

最后导出图片

用MCODE插件，筛选出子网
注：Mcode下载地址：http://apps.cytoscape.org/apps/mcode
导入文件：file->import->network->file(net.txt)
用MCODE插件筛选子网，参数可根据数据自行设置