蛋白质互作网络挖掘中Hub Genes该怎么选
Hub基因通常都是具有代表性的一些基因，如何从众多基因集中找出它的真身呢？今天小编给大家介绍以下Cytoscape中的Cytohubba模块。
Cytohubba是Cytoscape软件用于识别hub节点的插件，那...
Hub基因通常都是具有代表性的一些基因，如何从众多基因集中找出它的真身呢？今天小编给大家介绍以下Cytoscape中的Cytohubba模块。
Cytohubba是Cytoscape软件用于识别hub节点的插件，那么如何操作来让我们一见分晓：
首先，准备好我们的网络文件，导入Cytoscape中；
接下来，打开cytohubba的界面，点击calculate；
计算方法的选择，上方hubba nodes为通过特定方法选择top数量的hub节点；下方particular nodes为选则特定的节点分析；
当选择top的hub节点后，可设定top数量及方法（红框内）；
几个方法的定义如下（这个大家根据情况选择合适方法）：
Local-based method包括四种
Global-based method主要有7个方法
选好后按下方submit提交即可，右侧结果界面会出现hub节点的label及排序，导出保存表格还包括score；
网络界面会展示这些hub节点在网络中的连接情况，节点颜色越深代表分值越高。同样可以输出保存为pdf；
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- 发表于 2018-06-20 11:10
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