String-蛋白质相互作用数据库
string蛋白质互作数据库介绍以及与cytosacpe联用
STRING是蛋白质相互作用数据库，可进行是搜索已知蛋白之间和预测蛋白质之间相互作用
主页：
按照蛋白质名称，氨基酸序列等信息进行检索某个特定的蛋白质相互作用的其他蛋白质
例如：TP53 人类，选择人类
继续点continue，得到检索结果
圆圈代表蛋白质，点击圆圈可以查看蛋白质相关信息
直线代表蛋白质之间相互作用，点击可以查看互作信息
Setting中可以设置网络边代表的意义
evidence：不同颜色的线表示不同证据
confidence：两个蛋白质相互作用越强连线越粗
actions：不同颜色和形状的线表示不同的作用
例如confidence
cluster聚类
得到结果
还可以对网络进行分析、视图放大缩小或保存
输入某些蛋白质名称或氨基酸序列，检索其相互作用关系
例如：输入TP53、BCL2、MDM2、CDK2,并选择人类
检索结果
String与Cytoscape联用
将String的蛋白互作数据下载到Cytoscape本地中
Cytoscape中apps->stringApp
安装完毕后，回到文件>import>network>public databases
选择string数据库，以基因或蛋白输入
以TP53为例，选择score为0.2，连接的基因最大为80个。
也可以在已构建好的网络中可以扩展新的连接蛋白数或者重设confidence score来调整网络大小。
例如重新调整confidence score
可以进一步保存修改调整网络
- 发表于 2017-09-07 23:33
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- 分类：软件工具
