String-蛋白质相互作用数据库

string蛋白质互作数据库介绍以及与cytosacpe联用

STRING是蛋白质相互作用数据库,可进行是搜索已知蛋白之间和预测蛋白质之间相互作用

主页:

attachments-2017-09-IAgT2lR559b163d02fd3
按照蛋白质名称,氨基酸序列等信息进行检索某个特定的蛋白质相互作用的其他蛋白质
例如:TP53 人类,选择人类

attachments-2017-09-dKeyLnYv59b16402c6fc
 
继续点continue,得到检索结果

attachments-2017-09-fLxdYm2y59b1642a9f6c
圆圈代表蛋白质,点击圆圈可以查看蛋白质相关信息

attachments-2017-09-V4NwXW5159b1643d9501
 
直线代表蛋白质之间相互作用,点击可以查看互作信息
 attachments-2017-09-kdZgzxyr59b164477d77


Setting中可以设置网络边代表的意义
           evidence:不同颜色的线表示不同证据
           confidence:两个蛋白质相互作用越强连线越粗
           actions:不同颜色和形状的线表示不同的作用

attachments-2017-09-GjAgyezf59b16471983a
例如confidence

attachments-2017-09-AqRDj3Cj59b1648dd389
 
cluster聚类

attachments-2017-09-KT7xr6DP59b164b0e3d4
得到结果

attachments-2017-09-cr1zHEJT59b164c543c0

还可以对网络进行分析、视图放大缩小或保存


输入某些蛋白质名称或氨基酸序列,检索其相互作用关系attachments-2017-09-oAIunfva59b165194b40
例如:输入TP53、BCL2、MDM2、CDK2,并选择人类
检索结果

attachments-2017-09-p8HHsBFF59b165380aed


String与Cytoscape联用

将String的蛋白互作数据下载到Cytoscape本地中
Cytoscape中apps->stringApp

attachments-2017-09-fv5Cf42V59b165802829
 
安装完毕后,回到文件>import>network>public databases

选择string数据库,以基因或蛋白输入

attachments-2017-09-8d1QnaLx59b165a19890
 以TP53为例,选择score为0.2,连接的基因最大为80个。

attachments-2017-09-fWhgPDod59b165d95510

也可以在已构建好的网络中可以扩展新的连接蛋白数或者重设confidence score来调整网络大小。

attachments-2017-09-rMFUS32x59b1662f0f48
例如重新调整confidence score

attachments-2017-09-axRChidx59b165f1b2d6

attachments-2017-09-7S9WkkSl59b167328d70
 
 

可以进一步保存修改调整网络



  • 发表于 2017-09-07 23:33
  • 阅读 ( 29481 )
  • 分类:软件工具

2 条评论

请先 登录 后评论
不写代码的码农
爽儿

学生

25 篇文章

作家榜 »

  1. 祝让飞 118 文章
  2. 柚子 91 文章
  3. 刘永鑫 64 文章
  4. admin 57 文章
  5. 生信分析流 55 文章
  6. SXR 44 文章
  7. 张海伦 31 文章
  8. 爽儿 25 文章