GEO数据做生存分析
小编今日又一次以小白的身份完成了从下载GEO数据到批量运行生存分析。
大家好，针对目前大家在社区上提的问题。小编今日又一次以小白的身份完成了从下载GEO数据到批量运行生存分析。
过程中踩了很多坑，这里先向团队的码农，扔两箱炸弹。
然后小编带着大家走一遍生存分析。
一、数据下载
打开GEO，选择GSE17538 数据，然后下载MINiML。
二、格式转化
然后导入GEO_Convert.exe 工具。
导出样本信息数据和数据矩阵。
三、格式修改（可以防止踩大坑）
利用excel打开样本信息文本。
坑1：建议将将要用到的时间列和状态列名字改短。否则在工具中打不开。overall_event、overall survival follow-up time。
坑2：GEO的数据中一般是利用0代表 生存，1代表死亡。但是有些数据不是这样的，所以这里需要对death和no death 进行替换。否则会报错。
坑3：最大的坑就是某些特殊符号。这个时间列和状态列存在特殊符号比如；、，等。这些都是特殊符号需要替换掉。建议如果没有多次随访信息，直接替换掉全部特殊字符。
最后处理之后的表格：
然后保存，进入最后的生存分析部分。
四、生存分析
打开生信人小工具生存分析
导入表达数据和样本信息。
选择数据来源为GEO（默认也是GEO，请忽略截图）
然后选择状态列为stat列（0,1）
时间列选择为os-time（主要选择时间单位年、月、日）
然后点击导出结果。
然后导出表格如下，看到是不是很亲切，是的，这个表格可以放在文章里的。然后细心的童鞋会
发现这里已经按照P值进行过排序了（拿走，不写）。
另外软件中可以交互的看每个基因生存分析的关系。
这个图同样可以导出矢量图，可以自主调整颜色放在文章里的。
- 发表于 2017-10-24 21:53
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- 分类：软件工具
