文献分享(3)sEV相关基因表达特征(3-PPI-Mod)与肿瘤内缺氧状态显著相关???

这项研究结合生物学网络,以及生存分析,功能富集的生物学方法,开发了一种sEV相关基因表达特征(3-PPI-Mod),并在独立数据集中进行了验证,其可以预测预后并指导肺ADC的ACT获益,并与肿瘤内缺氧状态显著相关。

细胞外囊泡(EVs)在肿瘤微环境中能够介导细胞间通讯,是肿瘤侵袭现象发生的重要组成部分。体液中的EV被认为是癌症诊断和预后的理想生物标志物,不过肿瘤来源的EV与其他组织释放的EV不容易区分。今天小编就和大家分享一篇关于EV的文章【An EV-Associated Gene Signature Correlates with Hypoxic Microenvironment and Predicts Recurrence in Lung Adenocarcinoma】。

attachments-2019-11-IduEd8lC5ddbad8d6b8c9.png作者认为分析肿瘤组织中EV相关分子有助于评估肿瘤特异性EV的预后价值,为此,作者研究了小EV(sEVs)携带的蛋白编码基因在原发性肺腺癌中的表达情况,并基于蛋白质-蛋白质相互作用网络,确定了三个网络模块(3-PPI-Mod)作为预测复发的特征。

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attachments-2019-11-9YXZFJv55ddbae01dee96.png                                                                       图1

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1.从sEV蛋白中识别复发相关的PPI模块

attachments-2019-11-KnUJA3yd5ddbae89cda79.png                                                                      图2

文章首先在恶性PEs中识别到sEV蛋白,将568个蛋白映射到参考的PPI网络。与sEV相关的PPI网络与训练数据集的基因表达谱整合,接下来,模块搜索过程识别了144个模块,这些模块对复发状态的局部判别得分最大,最终21个复发性鉴别评分显著高于对照组的模块被识别,这21个模块的表达评分如图2A所示。

2.建立癌症复发风险的预测特征

attachments-2019-11-Zh0HCfH45ddbaeb7bf223.png                                                                    图3

作者在这部分进行了复发风险signature的识别。作者使用随机森林的方法对上面得到的21个模块进行评估,评估结果如图2B所示。最终得到3个模块,其中两个在肿瘤中上调,一个下调(图2C),这三个模块的AUROC如图2D所示,将患者分为高低风险组(图2E,然后进行生存分析,生存分析结果如图2FG所示。作者对这三模块特征进行了生物学刻画,如图3A,然后对相关基因进行功能富集(3B)。

3.在独立数据中验证3-PPI-Mod 特征

attachments-2019-11-76E879s75ddbaee37b8dc.png                                                                             图4

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                                                                              图5

在这一部分,作者首先在独立数据集中对前面得到的signature进行了验证,在独立数据集中,高低风险患者的生存分析情况如图4所示。作者在JBR.10临床试验的前瞻性数据集中进一步验证了3-PPI-Mod signature,该数据集旨在评估ACTIBIINSCLCs中的优势。结果如图5所示。

4.   3-PPI-Mod反映肿瘤间质相互作用和低氧肿瘤微环境

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                                                                图6

最后作者从NSCLC细胞上清液和血清中分离的sEV蛋白进一步验证了3-PPI-Mod标记内的蛋白。总的来说,分别有10个和8个标记蛋白与来自NSCLC细胞和循环血清的sEV中识别的蛋白重叠(图6AB)。作者假设Mod_137可能与非癌细胞有关。用微环境细胞群(MCP)计数法测定不同基质细胞的丰度。发现较高的Mod_137表达分数与成纤维细胞、内皮细胞和不同类型的免疫细胞的数量增加有关(图6C)。在3-PPI-Mod预测的高风险肿瘤中,缺氧的metagene显著富集(6D)瘤内低氧评分与缺氧诱导因子1 (HIF1)表达水平存在显著相关性,且均在3-PPI-Mod标记的高危亚组中上调(6E-G)

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这项研究结合生物学网络,以及生存分析,功能富集的生物学方法,开发了一种sEV相关基因表达特征(3-PPI-Mod),并在独立数据集中进行了验证,其可以预测预后并指导肺ADCACT获益,并与肿瘤内缺氧状态显著相关。

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  • 发表于 2019-11-25 19:00
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  • 分类:文献解读

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柚子

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